如果招标后发现两家公司有关联但未中标，处理方式主要依据是否存在违法行为，如串标。以下是详细分析：
不存在违法行为：
- 如果两家公司虽然有关联，但在招标过程中并未实施任何违法行为，如串标、围标等，那么即使未中标，也不会产生法律后果。此时，两家公司可以各自总结经验，为下次投标做准备。
存在违法行为（如串标）：
- 行政处罚：依据《中华人民共和国招标投标法》等相关法律法规，串标是违法行为。即使两家公司未中标，只要被认定存在串标事实，相关监管部门仍会对参与串标的单位进行罚款，罚款金额通常为中标项目金额的千分之五到千分之十。同时，单位里直接负责的主管人员以及其他直接责任人员也会面临罚款等行政处罚。
- 民事赔偿：如果串标行为给其他投标人造成了损失，受损的投标人有权通过法律途径要求参与串标的单位承担赔偿责任，以弥补自己的经济损失。
- 刑事处罚：若串标情节非常严重，可能触犯刑法，构成串通投标罪。一旦罪名成立，相关责任人将面临刑事处罚，如三年以下有期徒刑或者拘役，并可能处罚金。这会给个人留下严重的法律污点。
建议：
- 对于涉事单位，建议及时向相关部门主动说明情况，积极配合调查工作，以争取从轻处理。
- 同时，必须深刻吸取教训，在今后的经营活动中严格遵守法律法规，规范投标行为，杜绝此类违法事件再次发生。
综上所述，招标后发现两家公司有关联但未中标，应首先判断是否存在违法行为。如存在违法行为，将面临行政处罚、民事赔偿甚至刑事处罚等法律后果。因此，建议公司在参与招标时务必遵守相关法律法规，确保投标行为的合法性和公正性。