结论：农村宅基地没有任何手续但盖房子住了二十五年，这一行为并不直接等同于合法，其合法性需根据具体情况及相关法律规定进行综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、宅基地使用权取得的角度
合法取得宅基地使用权：
- 根据《土地管理法》及相关规定，农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。
- 宅基地使用权的取得应当符合土地利用总体规划和村庄规划，并经过乡（镇）人民政府审核，由县级人民政府批准。
- 若该宅基地的使用权并未通过合法程序取得，即没有相关的审批手续，那么从宅基地使用权取得的角度来看，该行为是不合法的。
历史遗留问题：
- 考虑到该房屋已经建造并居住了二十五年，可能存在历史遗留问题。在过去，由于管理不规范或信息不对称等原因，部分农村宅基地可能并未办理完善的手续。
- 对于这类历史遗留问题，不能简单地一概而论为非法。需要结合当时的政策环境、管理状况以及具体事实进行综合判断。在某些情况下，如果符合相关政策或可以补办手续，可能被视为合法或可以合法化。
二、房屋建造的角度
合法建造：
- 即使宅基地使用权存在瑕疵，但如果房屋的建造本身符合建筑规范、安全标准等要求，且并未对他人造成损害，那么从房屋建造的角度来看，该房屋本身可能是合法的。
- 然而，这并不意味着宅基地使用权的瑕疵可以被忽视或合法化。宅基地使用权的合法性是房屋合法性的前提之一。
非法建造：
- 如果房屋的建造违反了建筑规范、安全标准等要求，或者对他人造成了损害，那么从房屋建造的角度来看，该房屋是非法的。
- 在这种情况下，即使房屋已经居住了多年，也可能面临被拆除、罚款等法律后果。
三、法律建议与后果
补办手续：
- 如果可能的话，建议尽快补办宅基地使用权的相关手续，以使宅基地使用权和房屋建造都符合法律规定。
- 补办手续的具体流程和要求可能因地区而异，需要咨询当地土地管理部门或相关部门。
面临的风险：
- 如果无法补办手续或补办手续不成功，那么该宅基地和房屋可能面临被认定为非法、被拆除、罚款等法律后果。
- 此外，如果未来涉及宅基地或房屋的转让、继承等事宜，也可能因为手续不全而面临法律障碍。
具体行动建议：
- 首先，核实宅基地使用权的取得情况，包括是否经过审批、是否符合规划等。
- 其次，如果发现手续不全或存在瑕疵，尽快咨询当地土地管理部门或相关部门，了解补办手续的具体流程和要求。
- 最后，根据咨询结果和实际情况，决定是否补办手续以及如何补办手续。
有问题可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况和当地政策，为你提供更详细的法律建议。