农民工仅有包工头签字的情况下，能否直接起诉公司要求支付工资，需根据包工头与公司的法律关系及具体案情分情况讨论：

1. 若包工头以公司名义承揽工程，形成事实劳动关系

• 结论：农民工可直接起诉公司要求支付工资。
• 法律依据：根据《劳动和社会保障部关于确立劳动关系有关事项的通知》第四条，建筑施工、矿山企业等用人单位将工程（业务）或经营权发包给不具备用工主体资格的组织或自然人，对该组织或自然人招用的劳动者，由具备用工主体资格的发包方承担用工主体责任。
• 分析：若包工头以公司名义承揽工程，且农民工实际为公司提供劳动（如穿戴公司工作服、接受公司管理），则农民工与公司形成事实劳动关系。此时，公司作为用工主体，需直接承担支付工资的义务。农民工可凭包工头签字的工资确认单、工作证、考勤记录等证据，直接起诉公司。

2. 若包工头以个人名义承揽工程，一般不能直接起诉公司

• 结论：农民工通常需先向包工头主张权利，无法直接起诉公司。
• 例外情形：若公司存在违法分包行为（如将工程分包给无资质的包工头），农民工可依据《保障农民工工资支付条例》第三十六条，要求公司在欠付包工头工程款范围内承担责任。
• 分析：个人承揽工程时，包工头与农民工之间形成劳务关系，与公司无直接法律关联。此时，农民工应优先向包工头主张工资。但若公司违法分包导致拖欠工资，农民工可突破合同相对性，起诉公司要求其在欠付工程款范围内支付工资。需注意，此情形下农民工需证明公司存在违法分包行为（如分包合同、包工头无资质证明等）。

3. 实务建议：证据收集与维权路径

• 证据收集：
  • 基础证据：包工头签字的工资确认单、工作记录、聊天记录、通话录音等，证明劳务关系及工资数额。
  • 关联证据：工作证、考勤记录、公司管理痕迹（如工作群通知）等，证明与公司存在事实劳动关系。
  • 违法分包证据：分包合同、包工头无资质证明、公司付款记录等，证明公司存在过错。
• 维权路径：
  • 协商：先与包工头、公司协商解决。
  • 投诉：向劳动监察部门投诉，要求公司或包工头支付工资。
  • 仲裁/诉讼：协商无果后，可申请劳动仲裁（劳动关系争议）或直接向法院起诉（劳务关系争议）。若起诉公司，需根据案情选择管辖法院（如被告住所地或工程所在地法院）。

4. 风险提示

• 若仅有包工头签字，无其他证据证明与公司存在关联，起诉公司可能面临败诉风险。
• 违法分包情形下，公司承担的是“欠付工程款范围内”的责任，需准确计算欠付金额。

总结：农民工能否直接起诉公司，关键在于包工头与公司的法律关系及证据充分性。建议优先收集证据，明确法律关系后选择维权路径。如有疑问，可直接向我咨询具体案情。