迟到导致绩效工资扣除，一般不直接适用《工资支付暂行规定》第十六条。以下是对此问题的详细分析：
一、法律条款解读
《工资支付暂行规定》第十六条主要规定的是，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
这一条款的核心在于“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失”，它强调的是劳动者因过错行为（如失职、违规操作等）直接导致用人单位遭受经济损失的情况。
二、迟到与绩效工资的关系
迟到行为：迟到是劳动者未按时到达工作岗位的行为，它违反了用人单位的规章制度或劳动合同中的约定。
绩效工资：绩效工资通常与劳动者的工作表现、工作成果或工作效率挂钩，是用人单位对劳动者工作绩效的一种奖励或激励。
迟到与绩效工资扣除：用人单位因劳动者迟到而扣除绩效工资，通常是基于规章制度或劳动合同中的约定，对劳动者违反工作纪律的一种惩罚措施。这种扣除并不直接等同于因劳动者过错给用人单位造成的经济损失赔偿。
三、不适用第十六条的原因
性质不同：迟到导致的绩效工资扣除，更多是一种纪律惩罚，而非因劳动者过错给用人单位造成的经济损失赔偿。
法律依据不足：第十六条明确规定的是因劳动者过错给用人单位造成经济损失时的赔偿问题，而迟到并不直接等同于造成经济损失。
实际操作难度：即使将迟到视为一种“经济损失”（如因迟到导致的生产延误、客户流失等），也很难准确量化这种损失的具体金额，从而无法直接适用第十六条中的扣除比例限制。
四、建议与注意事项
审查规章制度：用人单位应确保其规章制度中关于迟到与绩效工资扣除的条款合法、合理，并明确告知劳动者。
劳动合同约定：在劳动合同中明确约定迟到与绩效工资的关系，以及可能的扣除方式和标准。
合法合规操作：用人单位在扣除绩效工资时，应遵守相关法律法规的规定，避免侵犯劳动者的合法权益。
劳动者权益保护：劳动者在面对不合理的绩效工资扣除时，有权向用人单位提出异议，并可通过法律途径维护自己的合法权益。
如有任何关于劳动工伤（工资福利）方面的法律问题，可以直接向我咨询。