结论：个体书店在没卖货但开票且不欠税的情况下进行注销，其合法性需分情况讨论，主要取决于是否符合税务注销和工商注销的相关规定。以下从税务注销和工商注销两个角度进行详细分析。
税务注销角度
税务注销的基本要求：
- 根据《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则，纳税人在办理注销税务登记前，应当向税务机关结清应纳税款、滞纳金、罚款，缴销发票、税务登记证件和其他税务证件。
- 若个体书店在注销前已按照规定申报并缴纳了所有应纳税款，且不存在欠税情况，同时已缴销了所有发票，那么从税务注销的角度来看，其注销行为是合法的。
没卖货但开票的情况：
- 如果个体书店在经营期间虽然未实际销售货物，但开具了发票（如预开发票、作废发票等），且这些发票的开具符合税法规定（如不存在虚开发票等违法行为），那么这些发票的开具并不影响税务注销的合法性。
- 但需注意的是，如果开具的发票存在虚开、代开等违法行为，或者未按照规定申报纳税，那么税务机关可能会拒绝办理注销税务登记，并可能对个体书店进行税务处罚。
不欠税的情况：
- 不欠税是税务注销的重要前提之一。如果个体书店在注销前已结清了所有应纳税款，且不存在欠税情况，那么其税务注销的合法性将得到进一步保障。
工商注销角度
工商注销的基本要求：
- 根据《中华人民共和国公司法》及其实施条例（对于个体工商户，则适用《个体工商户条例》等相关规定），个体工商户在终止经营时，应当向登记机关申请办理注销登记。
- 办理注销登记时，需要提交相关材料，如注销登记申请书、税务注销证明、营业执照等。
税务注销证明的重要性：
- 在办理工商注销时，税务注销证明是必备材料之一。如果个体书店已经成功办理了税务注销，并取得了税务注销证明，那么其工商注销的合法性将得到进一步确认。
- 如果税务注销存在问题（如未结清税款、未缴销发票等），那么工商注销可能会受到影响，甚至无法办理。
其他工商注销要求：
- 除了税务注销证明外，个体书店还需要满足其他工商注销的要求，如清算债务、处理剩余财产等。如果个体书店在注销前已经妥善处理了这些事项，那么其工商注销的合法性将得到进一步保障。
综合分析
- 合法情况：如果个体书店在没卖货但开票且不欠税的情况下，已经按照规定办理了税务注销和工商注销手续，并取得了相应的注销证明，那么其注销行为是合法的。
- 不合法情况：如果个体书店在注销前存在欠税、未缴销发票、虚开发票等违法行为，或者未按照规定办理税务注销和工商注销手续，那么其注销行为可能是不合法的，并可能面临税务机关和工商机关的处罚。
建议：如果您是个体书店的经营者，并计划进行注销登记，建议您在注销前仔细核对税务和工商方面的相关规定，确保已经结清了所有应纳税款、缴销了所有发票，并按照规定办理了税务注销和工商注销手续。如果您在注销过程中遇到任何问题或疑问，可以直接向我咨询，我将为您提供专业的法律帮助。