在程序违法与实体违法并存的情况下，行政复议机关应依法撤销原行政行为，并可责令重新作出具体行政行为。具体分析如下：
程序违法与实体违法的独立性及关联性
程序违法指行政行为在作出过程中违反法定程序（如未告知听证权利、超期作出决定等），实体违法则指行政行为的内容违反实体法规定（如证据不足、适用法律错误等）。二者可能独立存在，也可能相互影响。例如，程序违法可能导致实体审查不充分，进而引发实体违法；或实体违法本身因程序瑕疵被放大。
复议机关的审查标准
根据《行政复议法》第二十八条，复议机关需对行政行为的合法性与合理性进行全面审查。若程序违法与实体违法同时存在，复议机关无需区分主次，只要任一违法情形成立，即可作出撤销决定。例如：
- 程序违法影响实体公正：如行政处罚未依法举行听证，导致当事人无法有效申辩，可能影响处罚结果的公正性；
- 程序违法独立存在：如行政许可超期未作出决定，即使最终许可结果合法，仍因程序超期构成违法；
- 实体违法与程序违法并存：如行政处罚决定依据的证据系非法取得（实体违法），且处罚前未履行告知义务（程序违法）。
复议决定的类型及适用情形
- 撤销决定：适用于程序违法与实体违法均成立的情形。复议机关应明确指出违法点（如“违反法定程序”及“主要证据不足”），并宣告原行政行为无效。
- 责令重作：若撤销后行政事项仍需处理，复议机关可责令被申请人重新作出行政行为，但需避免“以同一事实和理由作出相同或基本相同的具体行政行为”（《行政复议法实施条例》第四十九条）。
- 确认违法：若撤销无实际意义（如行政行为已执行完毕且不可恢复），可确认违法但不撤销（如强制拆除违章建筑后发现程序违法）。
实务建议
- 申请人角度：在复议申请中应同时主张程序与实体违法，提供证据证明二者关联性（如程序瑕疵导致实体错误）；
- 被申请人角度：若存在程序违法，应主动补正或说明未影响实体公正，避免复议机关直接撤销；
- 复议机关角度：需严格区分“程序轻微违法但未影响实体结果”与“程序违法导致实体错误”的情形，前者可确认违法但不撤销，后者必须撤销。
结论：程序违法与实体违法并存时，复议机关应优先选择撤销原行政行为，并可根据案情责令重新作出或确认违法。具体决定需结合违法情节的严重性、对当事人权益的影响及行政效率等因素综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询行政复议或行政诉讼相关问题。