结论前置：协商解除劳动协议时，若经济补偿金低于法定标准，即使已经签字按手印，劳动者仍然有权通过法律途径维护自己的权益，即可以起诉。

详细分析：

1. 法律基础：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者协商一致解除劳动合同的，应当按照劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付经济补偿。若经济补偿金低于法定标准，则违反了法律的强制性规定。

2. 签字按手印的法律效力：

   • 签字按手印是双方达成协议的一种形式，表明双方对协议内容的认可和接受。然而，这种认可和接受并不意味着协议内容一定合法有效。如果协议内容违反了法律的强制性规定，如经济补偿金低于法定标准，那么该协议部分或全部无效。

3. 劳动者的权利：

   • 劳动者在发现经济补偿金低于法定标准时，有权拒绝接受该协议，并要求用人单位按照法定标准支付经济补偿金。
   • 如果劳动者已经签字按手印，但事后发现经济补偿金低于法定标准，仍然可以通过法律途径（如劳动仲裁或诉讼）来维护自己的权益。

4. 可能的法律后果：

   • 如果劳动者选择起诉，法院或劳动仲裁机构会审查协议内容，如果确认经济补偿金确实低于法定标准，会判决用人单位按照法定标准支付经济补偿金，并可能要求用人单位承担因违法解除劳动合同而给劳动者造成的其他损失。

5. 建议行动：

   • 劳动者在协商解除劳动协议时，应仔细阅读协议内容，确保经济补偿金等关键条款符合法律规定。
   • 如果发现经济补偿金低于法定标准，应立即与用人单位沟通，要求修改协议内容。
   • 如果沟通无果，劳动者可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。

举例说明： 假设劳动者在某公司工作了5年，月工资为5000元。按照法律规定，用人单位应支付的经济补偿金为5个月工资，即25000元。但如果双方协商解除劳动协议时，用人单位只愿意支付10000元作为经济补偿金，且劳动者已经签字按手印。在这种情况下，劳动者仍然有权通过法律途径要求用人单位支付剩余的15000元经济补偿金。

总结：协商解除劳动协议时，经济补偿金低于法定标准并不因签字按手印而变得合法有效。劳动者有权通过法律途径维护自己的权益，要求用人单位按照法定标准支付经济补偿金。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。