拆迁款按主次责任分摊，尽管法院已判决协议无效且物权归原告，这可能是基于多种法律和事实因素的考量。以下是对此问题的详细分析：
一、法律判决与拆迁款分摊的独立性
法律判决的效力：法院判决协议无效并确认物权归原告，这是对物权归属的明确判定。然而，这一判决主要解决的是物权归属问题，即房屋的所有权归谁所有。
拆迁款分摊的依据：拆迁款的分摊通常基于拆迁补偿协议、相关法律法规以及拆迁政策。即使物权归原告，但如果拆迁过程中涉及多方利益（如原房屋使用者、投资者等），且这些利益在拆迁补偿中有明确的体现，那么拆迁款可能会根据各方在拆迁过程中的贡献、损失或责任进行分摊。
二、主次责任分摊的可能原因
历史使用情况：如果被告在房屋被确权前曾长期使用或管理该房屋，并在使用过程中对房屋进行了修缮、改造或投入了其他资源，那么在拆迁时可能会考虑这些历史因素，对被告进行一定的补偿。
拆迁补偿协议的约定：拆迁补偿协议中可能明确规定了拆迁款的分摊方式，包括按主次责任分摊。这种约定可能是基于双方协商、政策规定或法律要求。
公平原则：在拆迁过程中，为了保障各方的合法权益，可能会根据公平原则对拆迁款进行分摊。例如，如果原告和被告在房屋使用、管理或投资方面都有一定的贡献，那么拆迁款可能会按照各自的贡献比例进行分摊。
三、法律建议与后续行动
审查拆迁补偿协议：原告应仔细审查拆迁补偿协议，了解其中关于拆迁款分摊的约定。如果认为分摊方式不合理或违反法律法规，可以与拆迁方进行协商或寻求法律救济。
咨询专业律师：针对拆迁款分摊问题，原告可以咨询专业律师，了解自己的权益和可能的法律途径。律师可以根据具体情况提供法律意见，帮助原告维护自己的合法权益。
关注政策变化：拆迁政策可能会随着时间和地区的不同而发生变化。原告应关注相关政策的变化，以便及时调整自己的策略和行动。
拆迁款按主次责任分摊并不直接违背法院关于物权归属的判决。这一分摊方式可能是基于拆迁补偿协议、历史使用情况、公平原则等多种因素的考量。如果您对拆迁款分摊有异议或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。