结论：公司最初不同意病假但后续科长电话同意且您提交了病历，这种情况在法律上可视为公司对病假的认可，一般是合法的。不过，具体是否完全合法还需结合公司规章制度、实际操作流程以及相关证据来综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

从公司规章制度角度

1. 若公司规章制度明确规定病假申请流程：比如要求员工必须填写书面病假申请单，并由特定级别的领导签字确认等。在这种情况下，虽然科长电话同意了您的病假，但如果公司后续要求您补办书面手续而您未办理，或者公司以您未按规定流程申请病假为由进行处理，可能会引发一些争议。不过，从实际履行角度来看，科长作为公司管理人员，其电话同意病假可视为公司对病假的一种认可，只要您能提供科长同意的证据（如通话录音等），在后续可能的纠纷中对您是比较有利的。
2. 若公司规章制度对病假申请流程规定不明确：那么科长电话同意病假并您提交了病历，这种操作方式在法律上通常是被认可的。公司不能以未履行不明确规定的流程为由，否认您病假的合法性。

从实际操作流程角度

1. 公司实际操作中认可口头同意：有些公司虽然规章制度有书面规定，但在实际操作中，对于一些紧急情况或者特殊情况，会认可口头同意的病假申请。在这种情况下，科长电话同意您的病假，就是公司实际操作流程的一部分，是合法有效的。您后续提交病历，进一步证明了您请病假的合理性和真实性。
2. 公司实际操作中严格要求书面流程：如果公司一直以来都严格按照规章制度要求的书面流程来处理病假申请，那么科长电话同意病假可能只是初步的沟通，公司可能还需要您补办相关的书面手续。如果您没有及时补办，公司可能会在考勤管理、工资发放等方面按照未请病假处理。但如果您能提供科长同意的证据，并且公司后续没有明确表示拒绝您的病假申请，那么也可以认为公司实际上认可了您的病假。

从证据角度

1. 您需要保留好相关证据：包括科长同意病假的通话录音、短信记录、聊天记录等，以及您提交的病历。这些证据在后续可能出现的纠纷中，能够证明您请病假的合理性和公司的认可情况。
2. 公司若否认病假合法性需提供反驳证据：如果公司后续否认您病假的合法性，公司需要提供相应的证据来证明其主张，比如公司规章制度中明确规定病假申请流程且您未按规定办理的证据等。如果公司无法提供充分的反驳证据，那么其否认病假合法性的主张可能不会被支持。

建议：为了确保您的权益得到充分保障，建议您尽快按照公司规章制度的要求，补办相关的病假申请手续（如果需要的话）。同时，保留好科长同意病假的证据和病历，以备不时之需。如果您在后续过程中遇到任何问题或者公司有不当处理行为，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况为您提供专业的法律建议。