结论：物流公司因司机出现事故而罚款是否合法，需视具体情况及合同条款而定，不能一概而论。
分析：
合同条款的约定：
- 首先，要查看司机与物流公司签订的劳动合同或相关协议中，是否有关于事故责任及罚款的具体条款。如果合同中明确规定了司机在发生事故时需要承担罚款责任，并且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么物流公司依据合同条款对司机进行罚款，可能是合法的。
- 反之，如果合同中没有相关约定，或者约定不明确，物流公司单方面对司机进行罚款，则可能缺乏法律依据。
法律法规的遵循：
- 物流公司在制定罚款规定时，必须遵守国家相关的法律法规，如《劳动法》、《劳动合同法》等。这些法律法规对用人单位的罚款权进行了限制，确保劳动者的合法权益不受侵害。
- 如果物流公司的罚款规定违反了法律法规的强制性规定，如罚款金额过高、罚款理由不充分等，那么该罚款规定就是无效的，司机有权拒绝接受罚款。
事故责任的认定：
- 在处理事故罚款问题时，还需要考虑事故责任的认定。如果事故完全是由于司机的过错造成的，那么司机可能需要承担一定的责任，包括可能的罚款。
- 但是，如果事故是由于不可抗力、第三方原因或物流公司自身管理不善等原因造成的，那么将责任完全归咎于司机并对其进行罚款，就是不合理的。
建议：
- 对于司机而言，在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于事故责任及罚款的部分，确保自己的权益不受侵害。
- 如果物流公司对司机进行罚款，司机应首先查看合同条款和法律法规，判断罚款是否合法。如果认为罚款不合法，可以与物流公司进行协商，或者向劳动争议调解委员会申请调解，甚至向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 对于物流公司而言，应制定合法、合理的罚款规定，并确保在事故发生后能够公正、客观地认定事故责任，避免对司机进行不合理的罚款。
后续行动：
- 如果您或您身边的司机朋友遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。
- 同时，也建议物流公司在制定和执行相关规章制度时，能够充分考虑法律法规的要求和劳动者的权益，构建和谐、稳定的劳动关系。