员工的请休假制度若只征求中层以上意见，而不征求全体员工意见，其有效性需根据具体情况来判断，但通常这种做法存在法律风险，可能不被认定为完全有效。以下从不同角度进行分析：

1. 民主程序与规章制度的有效性

根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条的规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。这意味着，涉及员工切身利益的规章制度，如请休假制度，应当经过民主程序，即征求全体员工或职工代表的意见。

• 若未征求全体意见：如果用人单位仅征求中层以上管理人员的意见，而未征求全体员工或职工代表的意见，那么该请休假制度可能因未遵循民主程序而被认定为无效或部分无效。这是因为中层以上管理人员并不能完全代表全体员工的利益和意见，其决策可能缺乏广泛性和代表性。

2. 规章制度的内容合法性与合理性

除了民主程序外，规章制度的内容还应当合法、合理，不得违反法律、法规的规定，也不得损害劳动者的合法权益。如果请休假制度的内容本身存在违法或不合理之处，如剥夺了员工的合法休假权利，那么即使经过了民主程序，该制度也可能被认定为无效。

• 内容合法性：请休假制度应当符合国家关于劳动时间、休息休假等方面的法律规定，如《劳动法》中关于工作时间和休息休假的规定。
• 内容合理性：请休假制度应当合理，考虑到员工的实际需求和工作情况，避免过于苛刻或不合理的要求。

3. 实际执行与员工反馈

即使请休假制度在形式上经过了民主程序且内容合法合理，但在实际执行过程中如果存在不公平、不公正的情况，或者员工对该制度存在广泛的不满和反对意见，那么该制度的有效性也可能受到质疑。

• 实际执行情况：用人单位应当确保请休假制度的实际执行与制度规定相符，避免出现违规操作或滥用职权的情况。
• 员工反馈：用人单位应当关注员工对请休假制度的反馈意见，及时进行调整和完善，以确保制度的公平性和合理性。

4. 建议与措施

• 完善民主程序：用人单位在制定或修改请休假制度时，应当确保经过职工代表大会或者全体职工的讨论，广泛征求员工的意见和建议。
• 确保内容合法合理：请休假制度的内容应当符合国家法律规定，并考虑到员工的实际需求和工作情况，避免过于苛刻或不合理的要求。
• 加强沟通与反馈：用人单位应当加强与员工的沟通和反馈机制，及时了解员工对请休假制度的意见和建议，并进行相应的调整和完善。

总结来看，员工的请休假制度若只征求中层以上意见而不征求全体员工意见，其有效性可能受到质疑。用人单位在制定或修改该制度时，应当确保经过民主程序、内容合法合理，并加强与员工的沟通和反馈机制。如果遇到相关法律问题，可以直接向我咨询。