结论：公司在合同中约定将五险一金的费用与工资一起发放给员工，并由员工个人承担责任，这种做法是不合法的。
分析：
五险一金的缴纳义务：
- 根据《社会保险法》和《住房公积金管理条例》等相关法律法规，用人单位有义务为员工缴纳社会保险（包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险）和住房公积金。这部分费用应由用人单位和员工共同承担，其中用人单位承担大部分，员工承担小部分。
- 五险一金的缴纳是法定的，用人单位不能通过合同约定将这部分费用转嫁给员工个人承担。
合同条款的合法性：
- 公司在合同中约定将五险一金的费用与工资一起发放给员工，并由员工个人承担责任，这种条款违反了法律法规的强制性规定，因此是无效的。
- 即使员工在合同上签字同意，这种条款也不能产生法律效力，因为法律法规的强制性规定具有优先于合同约定的效力。
可能的法律后果：
- 如果公司坚持这种做法，员工有权向劳动监察部门投诉，要求公司补缴应承担的社会保险和住房公积金费用。
- 劳动监察部门有权对公司进行处罚，包括罚款、责令改正等。
- 如果公司因此给员工造成损失（如无法享受社会保险待遇），员工还有权要求公司赔偿损失。
建议：
- 如果你发现公司有这种不合法做法，首先应与公司沟通，要求公司按照法律法规的规定缴纳社会保险和住房公积金。
- 如果公司拒绝改正，你可以向当地的劳动监察部门投诉，寻求法律帮助。
- 在处理此类问题时，建议保留好相关证据（如合同、工资条、社保缴纳记录等），以便在需要时提供证明。
总结：公司在合同中约定将五险一金的费用与工资一起发放给员工，并由员工个人承担责任，这种做法是不合法的。员工有权要求公司按照法律法规的规定缴纳社会保险和住房公积金，并在必要时寻求法律帮助。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。