单位入不敷出时，是否可以发绩效工资需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若劳动合同或规章制度明确约定绩效工资发放条件，单位仍需按约定执行
   根据《劳动合同法》第三十条，用人单位应按劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。若劳动合同或单位规章制度中明确约定了绩效工资的发放条件（如与单位盈利状况挂钩），且单位入不敷出属于合同约定的“不发放绩效”情形（如“单位亏损时绩效工资按50%发放”），则单位可按约定调整发放比例，但需确保调整依据充分、程序合法（如经职工代表大会讨论通过）。

2. 若劳动合同未约定绩效工资与单位盈利挂钩，单位不得单方停发或扣减
   若劳动合同仅约定“绩效工资按考核结果发放”，但未将单位盈利状况作为发放条件，则单位入不敷出不构成合法扣减绩效工资的理由。此时，单位仍需根据劳动者的工作表现、考核结果等客观标准发放绩效工资，否则可能构成未及时足额支付劳动报酬，劳动者可依据《劳动合同法》第三十八条主张被迫解除劳动合同，并要求单位支付经济补偿。

3. 单位可通过民主程序修订规章制度，但需注意程序合法性
   若单位因经营困难需调整绩效工资发放规则，可依据《劳动合同法》第四条，通过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表协商确定修订方案。修订后的规章制度需公示或告知劳动者，方可作为管理依据。但需注意，修订内容不得违反法律强制性规定（如不得设定“单位亏损时完全停发绩效”等排除劳动者主要权利的条款）。

建议：单位应优先通过协商与劳动者达成一致（如签订补充协议），避免单方调整引发劳动争议；劳动者若认为单位扣减绩效工资违法，可收集劳动合同、工资条、考核结果等证据，向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。如有具体案例细节，可进一步向我咨询。