结论前置：在父亲在世的情况下，子女按照母亲意愿签署的遗产协议，其有效性需根据具体情况综合判断，包括协议内容是否违反法律规定、是否损害他人权益、是否反映真实意愿等。

一、协议有效性的基本条件

1. 协议内容合法：

   • 协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定。例如，不能违反关于遗产范围、继承顺序的规定，也不能剥夺法定继承人中缺乏劳动能力又没有生活来源的人的继承权。若协议内容违法，则协议无效。

2. 意思表示真实：

   • 协议必须是子女和母亲真实意愿的表达，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。若存在不正当手段迫使他人签订协议，则协议不具有法律效力。

3. 不损害他人权益：

   • 协议不得损害国家利益、社会公共利益以及他人合法权益。若协议处分了他人的财产权益，则协议可能部分或全部无效。

二、特殊情况分析

1. 父亲在世，遗产未实际发生：

   • 在父亲在世的情况下，其遗产尚未实际发生，因此子女和母亲签署的遗产协议可能涉及对父亲未来遗产的处分。这种情况下，协议的有效性可能受到质疑，因为父亲仍有权对其财产进行处分。

2. 协议涉及父亲财产但未经父亲同意：

   • 若协议涉及父亲的财产，但未经父亲同意或知情，则协议可能因侵犯父亲财产权而无效。父亲作为财产的所有权人，有权对其财产进行处分，他人无权擅自处分。

3. 协议内容与遗嘱冲突：

   • 如果父亲生前立有遗嘱对财产进行了明确处分，那么子女和母亲签署的遗产协议内容必须与遗嘱相一致。否则，抵触部分将无效。遗嘱作为父亲生前的真实意愿表达，具有优先效力。

三、法律建议

1. 确保协议内容合法合规：

   • 在签署遗产协议前，应确保协议内容符合法律规定，不违反强制性规定，不损害他人权益。

2. 尊重父亲意愿：

   • 在父亲在世的情况下，应尊重其意愿，不得擅自处分其财产。若需对父亲财产进行处分，应事先征得其同意。

3. 咨询专业律师：

   • 由于遗产协议涉及复杂的法律关系和权益处分，建议在签署前咨询专业律师的意见。我可以根据具体情况提供针对性的法律指导，帮助规避潜在的法律风险。

4. 考虑其他合法继承人的权益：

   • 若存在其他法定继承人（如父亲的配偶、父母等），在签署遗产协议时应确保他们的权益不受损害。否则，协议可能因处分了他人的继承份额而部分或全部无效。

举例说明：假设父亲在世，母亲和子女签署了一份遗产协议，约定将父亲名下的房产在父亲去世后由某个子女继承。然而，这份协议未经父亲同意，且父亲生前立有遗嘱将房产留给其他子女。在这种情况下，由于协议未经父亲同意且与遗嘱冲突，因此协议可能无效。

总结与引导：在父亲在世的情况下，子女按照母亲意愿签署的遗产协议的有效性需根据具体情况综合判断。为确保协议的合法性和有效性，建议在签署前咨询我的意见。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律指导，请直接向我提问。