公司在呼市，但在旗县工作的员工，是可以在旗县申请劳动仲裁裁决的。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、劳动仲裁的管辖原则

根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议由劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会管辖。这意味着，员工既可以选择在劳动合同实际履行地（即旗县）申请劳动仲裁，也可以选择在用人单位所在地（即呼市）申请。

二、劳动合同履行地的优先性

在实际操作中，劳动合同履行地通常被视为更优先的管辖地。这是因为劳动合同履行地是劳动争议实际发生的地方，与争议有更直接的联系。因此，对于在旗县工作的员工来说，选择在旗县申请劳动仲裁更为便利，也更能直接反映争议的实际情况。

三、申请劳动仲裁的具体流程

1. 准备材料：员工需要准备相关的证据材料，如劳动合同、工资单、工作证等，以证明自己与用人单位之间存在劳动关系，以及争议的具体情况。
2. 提交申请：员工可以向旗县的劳动争议仲裁委员会提交书面仲裁申请，并按照要求缴纳仲裁费用。
3. 仲裁审理：劳动争议仲裁委员会在受理申请后，会安排仲裁庭进行审理。仲裁庭会听取双方的陈述和辩论，并审查相关证据材料。
4. 裁决结果：仲裁庭在审理结束后，会作出裁决结果。如果员工对裁决结果不服，还可以在规定的时间内向人民法院提起诉讼。

四、注意事项

• 时效性：员工在申请劳动仲裁时，需要注意仲裁时效的问题。一般来说，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
• 证据收集：员工在申请劳动仲裁前，应尽可能收集相关的证据材料，以支持自己的主张。证据材料应真实、合法、有效，并能够直接证明争议的事实。
• 法律援助：如果员工在申请劳动仲裁过程中遇到困难或问题，可以寻求法律援助或咨询专业律师的意见。

建议：如果您是在旗县工作的员工，且与呼市的公司发生了劳动争议，您完全可以选择在旗县申请劳动仲裁裁决。在申请过程中，请确保准备充分的证据材料，并遵循相关的法律程序。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。