在双方未达成赔偿协议的情况下，一般不可以擅自施工。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律角度

1. 合同约定优先：

   • 如果建设工程合同中明确约定了赔偿协议作为施工的前提条件，那么在双方未达成赔偿协议的情况下，擅自施工将构成违约。根据《民法典》的相关规定，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。未按照约定履行义务的，应当承担违约责任。

2. 法定赔偿义务：

   • 即便合同中没有明确约定赔偿协议作为施工的前提，但如果因一方原因导致另一方遭受损失，受损方仍有权要求赔偿。在赔偿问题未解决前，擅自施工可能引发新的纠纷，甚至导致工程中断或无法顺利进行。

二、实践角度

1. 施工风险：

   • 在双方未达成赔偿协议的情况下施工，可能面临施工过程中的风险无法得到有效控制的问题。例如，如果因施工导致周边居民或建筑物受损，而赔偿问题尚未解决，那么施工方可能面临更大的经济压力和法律风险。

2. 工程进度与成本：

   • 赔偿问题未解决可能导致工程进度受阻，进而增加工程成本。例如，如果因赔偿问题引发纠纷，导致工程中断或需要重新规划施工方案，那么将增加时间成本和物质成本。

三、建议与措施

1. 积极协商：

   • 在双方未达成赔偿协议的情况下，建议积极与对方进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。通过协商，可以明确赔偿范围、标准和方式，为施工创造有利条件。

2. 寻求法律援助：

   • 如果协商无果，可以寻求法律援助或咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见和解决方案，帮助您维护自身合法权益。

3. 谨慎施工：

   • 在赔偿问题未解决前，建议谨慎施工。如果必须施工，应确保施工过程中的安全措施到位，避免引发新的纠纷或损失。同时，应保留好相关证据，以备不时之需。

总结来看，在双方未达成赔偿协议的情况下擅自施工可能面临法律风险和实践困难。因此，建议您在施工前务必与对方就赔偿问题达成一致意见，以确保工程的顺利进行和自身合法权益的保障。如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。