结论前置：爷爷仍然可以就其房产部分立遗嘱，但遗嘱内容需符合法律规定，且不得侵犯孙女基于土地确权所享有的合法权益。
一、法律背景与原则
首先，我们需要明确的是，房产的归属和继承问题主要受到《中华人民共和国民法典》（以下简称《民法典》）中关于物权和继承的相关规定的调整。根据《民法典》的规定，房产作为不动产，其所有权以登记为准。然而，在本案例中，存在一个特殊情况：房子虽然是爷爷盖的，但土地确权时却登记在了孙女名下。
二、土地确权与房产归属
土地确权的意义：土地确权是确定土地所有权、使用权和其他权利归属的过程。一旦土地确权完成，并登记在特定人名下，该人即依法享有该土地的相关权益。
房产与土地的关系：在通常情况下，房产是建在土地上的，因此房产的归属往往与土地的归属密切相关。但本案例中，由于土地确权在孙女名下，这可能会引发关于房产实际归属的争议。不过，从法律角度讲，如果房产本身并未进行独立的产权登记，其归属可能会受到土地确权的影响。但若房产有独立产权证，则房产归属以产权证为准。
三、爷爷立遗嘱的合法性
遗嘱的基本条件：根据《民法典》的规定，遗嘱是遗嘱人生前在法律允许的范围内，按照法律规定的方式对其遗产或其他事务所作的个人处理，并于遗嘱人死亡时发生效力的法律行为。因此，爷爷作为完全民事行为能力人，有权立遗嘱处分其个人财产。
遗嘱内容的限制：然而，爷爷在立遗嘱时，必须确保其遗嘱内容不违反法律规定，且不得侵犯他人的合法权益。在本案例中，如果爷爷试图通过遗嘱将已确权在孙女名下的土地（或基于该土地的房产，若房产无独立产权证）全部或部分处分给他人，这可能会构成对孙女合法权益的侵犯，从而导致遗嘱部分或全部无效。
四、具体建议
明确房产产权：首先，需要明确房产是否进行了独立的产权登记。如果房产有独立产权证，且登记在爷爷名下，那么爷爷有权通过遗嘱处分该房产。如果房产无独立产权证，其归属可能受土地确权影响，此时爷爷立遗嘱需谨慎。
合法立遗嘱：如果爷爷决定立遗嘱，应确保遗嘱内容合法、有效，且不侵犯他人的合法权益。遗嘱形式也应符合法律规定，如自书遗嘱、代书遗嘱、录音遗嘱或公证遗嘱等。
考虑家庭和谐：在立遗嘱时，爷爷还应考虑家庭和谐因素。可以通过与家人沟通、协商等方式，尽量达成共识，避免因遗嘱问题引发家庭矛盾。
五、可能的法律后果
如果爷爷立的遗嘱内容违反了法律规定或侵犯了他人的合法权益，那么该遗嘱部分或全部可能无效。在这种情况下，相关权益人可以通过法律途径维护自己的合法权益。
总结：爷爷仍然可以就其房产部分立遗嘱，但必须确保遗嘱内容合法、有效，且不侵犯孙女基于土地确权所享有的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。