关于租车时指定修配厂是否合法的问题，这主要取决于租车合同中的具体条款以及相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细解答：
一、合同条款的合法性
合同自由原则：在租车合同中，双方有权就车辆维修、保养等事项进行约定。如果合同中明确规定了租车期间车辆维修的指定修配厂，并且这一条款不违反法律法规的强制性规定，也不损害消费者的合法权益，那么该条款在法律上是有效的。
不公平格式条款：然而，如果合同中的指定修配厂条款被认定为不公平格式条款（如押金退还条件模糊、单方面加重承租方责任等），损害了消费者的权益，那么根据《中华人民共和国合同法》及相关规定，该条款可能被视为无效。
二、相关法律法规的规定
小微型客车租赁经营服务管理办法：根据《小微型客车租赁经营服务管理办法》等相关规定，租车企业应当保障租车人的合法权益，提供符合标准的租赁车辆，并不得设置不公平、不合理的条款。如果指定修配厂的行为违反了这些规定，那么该行为可能被视为违法。
消费者权益保护法：根据《中华人民共和国消费者权益保护法》，消费者享有自主选择商品或者服务的权利。如果租车企业强制要求租车人到指定修配厂进行维修，剥夺了租车人的自主选择权，那么该行为可能构成对消费者权益的侵害。
三、实际操作中的建议
仔细阅读合同：在租车前，租车人应仔细阅读合同条款，特别是关于车辆维修、保养等事项的约定。如果发现合同中有不公平、不合理的条款，应及时与租车企业协商修改或拒绝签订合同。
了解修配厂资质：如果合同中指定了修配厂，租车人应了解该修配厂的资质和信誉情况。确保修配厂具备合法的经营资质和良好的维修技术，以保障车辆维修的质量和安全。
保留相关证据：在租车过程中，如果发生因指定修配厂而引发的纠纷或问题，租车人应及时保留相关证据（如合同、维修记录、发票等），以便在需要时维护自己的合法权益。
四、结论
租车时指定修配厂是否合法，取决于合同条款的具体内容以及相关法律法规的规定。如果合同条款合法且不损害消费者权益，同时修配厂具备合法资质和良好信誉，那么指定修配厂的行为在法律上是可行的。然而，如果合同条款存在不公平、不合理之处，或者修配厂不具备合法资质或信誉不佳，那么租车人应谨慎考虑并采取相应的措施来维护自己的合法权益。