关于保险公司指定修配厂是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况和合同条款来综合判断。

首先，我们来看合法的情况：

1. 合同约定：如果保险合同中明确规定了保险公司有权指定修理厂进行维修，并且您在签订合同时已经接受并认可了这一条款，那么保险公司的指定行为就是合法的。这是基于合同法的原则，双方自愿达成的协议具有法律效力。

2. 保障维修质量：保险公司指定的修理厂通常都是经过严格筛选和评估的，具备一定的维修资质和技术水平。这样，保险公司可以在一定程度上确保维修质量，使您的车辆得到妥善修复，符合保险理赔的要求。

3. 特殊情况：在某些特殊情况下，如车辆内部结构损坏且理赔人员难以判断时，保险公司可能会建议指定修理厂进行维修，以确保维修的准确性和专业性。但请注意，这仅仅是建议，您仍然享有最终的选择权。

然而，也存在不合法的情况：

1. 限制消费者选择权：根据《消费者权益保护法》，您享有自主选择商品或服务的权利。如果保险公司以强制手段完全剥夺了您自行选择有资质修理厂的权利，那么这种指定行为就是不合法的。

2. 存在利益输送：如果保险公司与指定修理厂之间存在不合理的经济关联或利益输送，导致修理厂为了获取更多业务而降低维修标准或抬高维修价格，从而损害了您的利益，那么这种指定行为也是违法的。

那么，作为车主，您应该如何保护自己的权益呢？

• 在签订保险合同时，请务必仔细阅读合同条款，特别是关于修理厂指定的部分，确保自己了解并接受这些条款。
• 如果在实际理赔过程中，您对保险公司指定的修理厂存在疑问或认为自己的权益受到侵害，可以先与保险公司进行充分沟通协商，要求其说明指定的依据和合理性。
• 如果协商不成，您可以向保险行业监管机构投诉，甚至通过法律途径来维护自己的合法权益。

特别提醒：

• 如果您在投保时签订了《指定专修厂特约条款》，并愿意为此支付额外保费，那么车辆的维修将受此条款约束，保险公司有权指定修理厂进行维修。
• 如果没有这个条款的约束，您则有权在事故后与保险公司协商，自行决定车辆的修理地点和费用。

综上所述，保险公司指定修配厂的行为并非绝对合法或非法，而是取决于具体情况和合同条款的约定。作为车主，您应该了解自己的权利和义务，并在需要时做出正确的决策。同时，也要积极维护自己的合法权益，对任何侵犯自己选择权或利益的行为及时采取法律措施进行维权。