针对您因生病辞职而被公司扣工资的问题，这是一个涉及劳动者权益的重要事项，我将为您详细解答如何处理此类情况。

首先，您需要明确的是，员工因病主动离职时，单位不能随意扣钱。这是基于《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。

接下来，您可以按照以下步骤来处理这个问题：

一、审查合同与制度

1. 查阅劳动合同：仔细查看劳动合同中是否有关于辞职及扣款的约定条款，并评估这些条款的合法性与合理性。
2. 了解公司制度：查阅公司规章制度或员工手册，了解对于员工离职及扣款的具体规定。若存在违法或不合理的扣款规定，如仅因生病辞职就扣钱，则该条款无效。

二、与公司协商沟通

1. 说明情况：以平和的态度向公司人力资源部门或上级领导说明您因生病无法继续工作的情况。
2. 指出不合理：指出公司扣款的不合理之处，并要求公司提供扣款依据。同时，请求公司停止扣款，并足额支付您应得的工资。
3. 记录沟通：保留所有与公司的沟通记录，包括邮件、聊天记录、通话录音等，作为后续维权的证据。

三、收集并整理证据

1. 劳动关系证明：收集劳动合同、工作证、考勤记录、工资条、同事证言等，证明您与公司的劳动关系及具体情况。
2. 病情证明：准备医院的诊断证明、病历、病假条等，证明您的辞职是因生病这一客观原因。
3. 辞职与扣款证据：保存辞职信、与公司沟通辞职事宜的邮件、聊天记录、工资卡流水明细、公司工资单等，明确辞职过程及公司扣款情况。

四、向劳动监察部门投诉

1. 提交材料：携带收集好的证据材料，前往当地劳动监察部门填写投诉表格，详细说明公司扣款情况。
2. 配合调查：劳动监察部门受理后将进行调查，您需积极配合，提供进一步证据或信息。若查实，劳动监察部门有权责令公司改正违法行为，并足额支付工资。

五、申请劳动仲裁或提起诉讼

1. 申请劳动仲裁：若劳动监察部门处理未能解决问题，或您对处理结果不满意，可向当地劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请。写明仲裁请求、事实和理由，并附上相关证据材料。参加仲裁庭审，陈述观点与证据，与公司辩论。仲裁庭将根据双方证据和陈述进行裁决。
2. 提起诉讼：若劳动仲裁结果仍无法满足诉求，您可向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护权益。在诉讼过程中，继续提供证据支持您的主张，并遵循法院程序。

额外建议

• 保持冷静：在整个维权过程中，保持冷静与理智至关重要。通过合法、合理的途径解决问题，避免情绪化行为。
• 咨询律师：必要时咨询专业律师以获取更具体、有针对性的法律建议。律师可以为您提供专业的法律意见和帮助。
• 妥善保管证据：确保所有重要证据得到妥善保管，以便在需要时能够有力证明自己的主张。

综上所述，因生病辞职被公司扣工资是不合法的行为。您应通过合法途径维护自己的权益，包括与公司协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等。希望这些建议能对您有所帮助。