核心结论：公司未经您同意复印并继续使用您的特种作业证属于侵权行为，您有权要求其停止使用并承担相应责任。以下是具体分析及建议：

1. 法律定性：公司行为构成侵权

• 法律依据：根据《民法典》第111条，自然人的个人信息受法律保护，任何组织或个人不得非法收集、使用、加工、传输他人个人信息。特种作业证包含您的身份信息、资质信息等，属于受保护的个人信息范畴。
• 侵权行为：公司未经您同意，擅自复印并使用您的证件，可能涉及以下侵权：
  • 侵犯个人信息权：非法使用您的个人信息；
  • 侵犯姓名权/名称权：若公司以您的名义从事活动，可能构成冒用；
  • 违反行业规范：特种作业证通常要求持证人亲自操作，公司使用复印件可能违反安全生产法规。

2. 您的权利与应对措施

• 要求停止使用：书面通知公司立即停止使用您的证件复印件，并销毁已复印的文件。
• 主张赔偿：若公司行为导致您损失（如影响新工作入职、名誉受损等），可要求赔偿实际损失。
• 投诉举报：
  • 向当地应急管理局（原安监局）举报，公司可能因违规使用特种作业证面临行政处罚；
  • 向劳动监察部门投诉，若公司行为与劳动关系相关（如扣押证件）。
• 法律途径：若协商无果，可向法院起诉，主张停止侵害、赔礼道歉、赔偿损失等。

3. 实务建议：分步骤处理

• 第一步：固定证据
  保留公司使用您证件的证据，如复印件、工作记录、同事证言等。
• 第二步：书面交涉
  通过律师函或自行发送书面通知，明确要求公司停止侵权并限期回复。
• 第三步：行政投诉
  优先选择向应急管理局举报，行政处罚可能更快解决问题。
• 第四步：诉讼准备
  若损失较大或公司拒不配合，可委托律师起诉，主张侵权责任。

4. 风险提示

• 时效性：民事诉讼时效为3年，自知道权利受损之日起算，建议尽快处理。
• 行业影响：若公司冒用您的证件从事危险作业，可能牵连您承担法律责任（如事故责任），需及时阻断风险。

总结：公司行为明显违法，您应果断维权。建议先通过书面交涉和行政投诉解决，若无效再考虑诉讼。如有进一步疑问或需要协助起草法律文书，可随时向我咨询。