结论前置：

1. 若乙公司是甲公司的关联公司或分支机构，且合同中有明确约定：您应按照合同约定向甲公司或甲公司指定的乙公司相关部门请假。
2. 若乙公司与甲公司无直接关联，仅为实际用工单位：您可能需要同时向甲公司（合同签订方）和乙公司（实际用工方）请假，或根据甲公司的指示操作。
3. 若合同或公司制度无明确规定：建议优先与乙公司沟通请假事宜，并保留书面或电子沟通记录，同时及时通知甲公司。

详细分析：

在您与甲公司签订劳动合同，但在乙公司实际上班的情况下，请假流程需结合合同约定、公司制度及实际用工关系综合判断。以下从不同角度为您分析：

一、合同有明确约定时

若劳动合同中明确规定了请假流程（如“请假需向甲公司人力资源部提交申请”或“请假事宜由乙公司代为处理”），则您应严格按照合同约定执行。此时，无需考虑乙公司的独立地位，因为合同是双方权利义务的基础。

法律背景： 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三条，依法订立的劳动合同具有约束力，用人单位与劳动者应当履行劳动合同约定的义务。因此，合同中的请假条款对双方均有约束力。

二、合同无明确约定，但乙公司为甲公司关联方时

若乙公司是甲公司的子公司、分公司或关联公司，且实际承担了用工管理职责（如考勤、工资发放等），则您可能需要向乙公司请假。但为避免纠纷，建议同时通知甲公司，或要求乙公司出具书面请假确认单。

法律建议：

1. 查阅甲公司或乙公司的员工手册、规章制度，确认是否有关于跨公司用工的请假规定。
2. 若无明确规定，可要求甲公司出具书面指示，明确请假对象及流程。

三、合同无明确约定，且乙公司为独立用工单位时

若乙公司与甲公司无直接关联，仅为实际用工单位（如劳务派遣中的用工单位），则您可能需要同时向甲公司（合同签订方）和乙公司（实际用工方）请假。因为甲公司作为用人单位，需承担劳动合同下的管理责任；而乙公司作为实际用工方，需对您的日常考勤负责。

可能的法律后果： 若您仅向一方请假而未通知另一方，可能导致：

• 甲公司以“旷工”为由解除劳动合同；
• 乙公司以“未履行用工义务”为由扣减工资或要求赔偿。

法律建议：

1. 优先与乙公司沟通请假事宜，因为乙公司直接管理您的日常工作。
2. 同时通过邮件、短信等方式通知甲公司，保留沟通记录。
3. 若甲公司或乙公司拒绝接受请假申请，可要求其出具书面拒绝理由，并咨询专业律师。

四、合同或公司制度均无规定时

若劳动合同、甲公司制度、乙公司制度均未规定请假流程，则您应遵循“合理、必要、及时”的原则：

1. 合理：请假事由需符合法律规定或公序良俗（如病假、事假、婚假等）。
2. 必要：请假时间需与事由匹配，避免滥用请假权。
3. 及时：提前通知甲公司或乙公司，以便其安排工作交接。

操作建议：

1. 优先向乙公司请假，因为乙公司是您的直接管理方。
2. 同时通过邮件、短信等方式通知甲公司，说明请假事由及时间。
3. 保留所有沟通记录，以备后续纠纷时作为证据。

总结： 请假流程需结合合同约定、公司制度及实际用工关系综合判断。若合同有明确约定，则按合同执行；若无约定，则优先与实际用工方（乙公司）沟通，并通知合同签订方（甲公司）。为避免纠纷，建议保留所有沟通记录，并在必要时咨询专业律师。您有任何法律问题，都可以直接向我咨询。