公司章程中存在矛盾条款且失效后，应当通过法定程序进行修正或重新制定，以确保公司治理的合法性和有效性。具体处理方式如下：

1. 确认条款矛盾的性质与影响
   首先需明确矛盾条款的具体内容及影响范围。例如，若涉及股东权利分配、董事会职权划分等核心条款，可能直接影响公司决策效率或股东权益；若为非核心条款（如会议通知方式），则影响相对较小。建议优先审查矛盾条款是否违反法律强制性规定（如《公司法》中关于股东会职权、利润分配等条款），若存在违法情形，相关条款自始无效。

2. 启动章程修正程序
   根据《公司法》及公司章程规定，修正程序通常包括：

   • 提出修正案：由董事会、股东或符合条件的股东联名提出修正建议；
     
   • 召开股东会：需经代表三分之二以上表决权的股东通过（有限责任公司）或出席会议股东所持表决权三分之二以上通过（股份有限公司）；
     
   • 备案与公示：修正后的章程需向市场监管部门备案，并依法公示。
     注意：若矛盾条款导致章程无法执行，可紧急召开临时股东会，但需符合章程约定的召集条件。

3. 临时解决方案（过渡期）
   在修正程序完成前，可通过以下方式降低风险：

   • 股东协议补充：全体股东签署补充协议，明确矛盾条款的适用规则（如“新规优于旧规”“特别条款优先”）；
     
   • 董事会决议：针对具体事项形成决议，但需确保决议内容不违反法律及章程基本原则；
     
   • 法律意见书：委托律师出具法律意见，明确矛盾条款的效力及临时处理方案的合法性。

4. 预防性措施
   为避免类似问题，建议：

   • 章程起草阶段：委托专业律师审核，确保条款逻辑自洽、无冲突；
     
   • 定期审查：每2-3年或发生重大变更时（如股权结构调整、业务转型），全面审查章程；
     
   • 培训与沟通：对股东、董事进行章程解读培训，减少理解分歧。

风险提示：若未及时处理矛盾条款，可能导致公司决策僵局、股东纠纷，甚至被监管部门处罚（如未依法备案）。建议尽快启动修正程序，并保留相关会议记录、决议文件作为证据。

如有具体条款内容或操作疑问，可进一步向我说明，我将结合实际情况提供详细方案。