核心结论：针对“不是代耕土地但村委会证明是代耕”的情况，需通过法律程序确认土地实际性质，并依据结果采取相应措施。以下为具体处理方向：

1. 核实村委会证明的合法性与真实性

• 法律依据：根据《民法典》第154条，行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益的民事法律行为无效。若村委会出具虚假证明，可能涉及滥用职权或与他人串通损害利益。
• 处理方式：
  • 要求村委会提供证明依据（如会议记录、土地流转协议等），核实其出具证明的合法性。
  • 若证明无合法依据，可向乡镇政府或县级农业农村部门投诉，要求撤销虚假证明。

2. 通过法律程序确认土地实际性质

• 诉讼途径：
  • 若土地实际为承包经营或自有土地，可向法院提起确认之诉，要求判决村委会证明无效，并确认土地实际权属。
  • 证据包括：土地承包合同、权属证书、历史耕作记录、证人证言等。
• 行政复议：
  • 若村委会证明涉及行政许可或登记行为（如土地流转备案），可向县级政府申请行政复议，要求撤销错误登记。

3. 追究相关方责任

• 村委会责任：
  • 若村委会故意出具虚假证明，可依据《村民委员会组织法》第36条，向乡镇政府反映，要求责令改正；情节严重的，可追究直接责任人员的法律责任。
• 第三方责任：
  • 若他人利用虚假证明侵占土地，可依据《刑法》第266条（诈骗罪）或《农村土地承包法》第56条（侵害承包经营权）追究刑事或民事责任。

4. 后续权益保护

• 土地使用：
  • 确认土地实际性质后，及时办理权属登记或流转手续，避免再次发生纠纷。
• 损失赔偿：
  • 若因虚假证明导致经济损失（如耕地收益减少），可要求责任方赔偿实际损失。

建议：处理此类问题时，需优先固定证据（如保存证明文件、收集证人证言），并咨询专业律师制定诉讼策略。若需进一步协助，可直接向我提问具体法律问题。