结论：农村房子房产证是自己的，但房子由别人盖，要转卖给第三方，这种情况是否合法不能一概而论，需分情况讨论。
一、合法情况分析
存在合法建造或翻建手续：
- 如果别人盖房时，已经取得了合法的建造或翻建手续（如乡村建设规划许可证等），并且这些手续是登记在您名下的房产上，那么从法律上讲，该房屋的建造是合法的。
- 在此情况下，如果您作为房产证上的所有权人，决定将房屋转卖给第三方，并且交易过程符合相关法律法规（如签订合法的买卖合同、办理过户手续等），那么这种转卖行为是合法的。
存在合法租赁或借用关系：
- 如果别人盖房是基于与您之间的合法租赁或借用关系，并且在租赁或借用期间内建造了房屋，同时您作为房产证上的所有权人同意转卖，且转卖过程符合法律法规，那么这种转卖行为也可能被视为合法。但这种情况较为复杂，需要具体分析租赁或借用合同的条款以及当地的相关法律法规。
二、不合法情况分析
无合法建造或翻建手续：
- 如果别人盖房时没有取得合法的建造或翻建手续，或者这些手续并非登记在您名下的房产上，那么该房屋的建造就是非法的。
- 在此情况下，即使房产证是您的，您也不能将非法建造的房屋转卖给第三方，因为这种转卖行为本身就违反了相关法律法规。
侵犯他人权益：
- 如果别人盖房时侵犯了您的合法权益（如未经您同意擅自占用您的土地建造房屋），或者侵犯了第三方的合法权益（如建造过程中对周边环境造成了污染或损害），那么这种建造行为就是非法的。
- 在此情况下，您不仅不能将房屋转卖给第三方，还可能需要承担相应的法律责任。
三、法律建议
核实建造手续：
- 在决定转卖房屋之前，您应该首先核实别人盖房时是否取得了合法的建造或翻建手续，并且这些手续是否登记在您名下的房产上。
咨询当地部门：
- 由于农村房屋买卖涉及到的法律法规和政策可能因地区而异，因此建议您在转卖房屋之前咨询当地的房地产管理部门或法律专业人士，以了解具体的法律法规和政策要求。
签订合法合同：
- 如果您决定转卖房屋，并且交易过程符合相关法律法规，那么您应该与买方签订合法的买卖合同，并明确双方的权利和义务。
办理过户手续：
- 在签订买卖合同后，您应该按照相关法律法规的要求办理房屋过户手续，以确保交易的合法性和有效性。
总结：农村房子房产证是自己的，但房子由别人盖，要转卖给第三方是否合法，取决于多种因素。在做出决定之前，建议您充分了解相关法律法规和政策要求，并咨询专业人士的意见。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。