土地使用权是否违规，主要由自然资源部门（原国土资源部门）进行认定。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、认定部门及职责
自然资源部门是负责土地资源管理和监督的主要部门，其职责包括土地使用权的审批、登记、监管以及违规行为的查处。当涉及土地使用权是否违规的问题时，自然资源部门会依据相关法律法规和政策规定，对土地使用情况进行调查和评估，进而作出是否违规的认定。
二、认定依据
自然资源部门在认定土地使用权是否违规时，主要依据以下法律法规和政策规定：
《中华人民共和国土地管理法》：该法规定了土地用途管制制度，明确了农用地、建设用地和未利用地的分类，以及土地使用权的取得、转让、使用等规定。自然资源部门会依据该法对土地使用情况进行监管，确保土地使用符合规划用途和法定条件。
《中华人民共和国城乡规划法》：该法规定了城乡规划的制定、实施和修改等程序，以及建设用地规划许可、建设工程规划许可等制度。自然资源部门在认定土地使用权是否违规时，会考虑土地使用是否符合城乡规划要求。
其他相关法规和政策：如地方政府制定的土地管理规章、政策性文件等，也是自然资源部门认定土地使用权是否违规的重要依据。
三、认定程序
自然资源部门在认定土地使用权是否违规时，通常会遵循以下程序：
受理举报或发现违规行为：自然资源部门可能通过群众举报、日常巡查等方式发现土地使用权违规行为。
调查取证：自然资源部门会对涉嫌违规的土地使用情况进行调查取证，包括现场勘查、询问当事人、查阅相关文件资料等。
作出认定：根据调查取证结果，自然资源部门会依据相关法律法规和政策规定，对土地使用权是否违规作出认定。
处理处罚：对于认定违规的土地使用权，自然资源部门会依法进行处理处罚，包括责令改正、罚款、没收违法所得等。
四、法律建议
遵守法律法规：土地使用者应严格遵守相关法律法规和政策规定，确保土地使用符合规划用途和法定条件。
及时咨询：如对土地使用权是否违规存在疑问或担忧，建议及时向自然资源部门咨询或寻求专业法律意见。
配合调查：如自然资源部门对土地使用情况进行调查取证，土地使用者应积极配合，提供真实、完整的文件资料和信息。
作为专业律师，我在遗产继承、房产纠纷领域有着丰富的经验。如果您在土地使用权方面遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。