违法用地排查主要由县级以上人民政府自然资源主管部门负责。详细分析如下：

1. 主要职责：

   • 县级以上人民政府自然资源主管部门负责全面监督土地使用情况，对未经批准或骗取批准非法占用土地的行为进行严厉查处，这自然包括了违法用地的排查工作。

2. 法律依据：

   • 根据《土地管理法》的相关规定，该部门具有责令退还土地、限期拆除违法建筑、没收地上建筑物以及处以罚款等行政处罚权力，这些权力为排查和处罚违法用地提供了法律基础。

3. 行动措施：

   • 自然资源主管部门会组织专业巡查队伍定期开展土地巡查，及时发现并制止违法占地行为，这实际上就是违法用地排查的重要组成部分。
   • 同时，部门还会建立严格的土地审批制度，确保每一块土地的使用都经过合法审批，从而从源头上减少违法用地的发生。

综上所述，违法用地排查主要由县级以上人民政府自然资源主管部门负责。该部门通过定期巡查、严格审批等措施，确保土地的合法使用，维护土地管理秩序。如果您发现违法用地行为，可以向当地自然资源主管部门举报。