在处理给超市供货但超市不付款的货物买卖合同纠纷时，关于超市收取的管理费等费用能否一起扣减的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况来详细分析：
一、合同条款的约定
明确约定：如果货物买卖合同中明确约定了超市可以收取管理费等费用，并且这些费用在货款结算时可以一并扣减，那么超市在未付款的情况下，理论上是有权按照合同约定进行扣减的。但前提是，这种扣减必须符合合同的具体条款，且超市需要提供相应的费用明细和合法依据。
未明确约定：如果合同中没有明确约定管理费等费用的扣减方式，或者约定不明确，那么超市单方面扣减这些费用就可能缺乏法律依据。在这种情况下，供货方有权要求超市按照合同约定的货款金额进行支付，不得随意扣减。
二、费用的合理性与合法性
合理性：即使合同中有约定，超市收取的管理费等费用也必须合理。如果费用过高或者与实际提供的服务不符，供货方可以提出异议，并要求调整费用或拒绝扣减。
合法性：超市收取的费用必须合法。如果费用涉及违法或违规行为（如乱收费、摊派等），供货方不仅有权拒绝扣减，还可以向相关部门投诉或寻求法律救济。
三、法律救济途径
协商解决：在发生纠纷时，供货方可以首先尝试与超市进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。这包括调整费用、分期付款、延期付款等多种方式。
法律诉讼：如果协商无果，供货方可以向法院提起诉讼，要求超市按照合同约定支付货款，并不得随意扣减管理费等费用。在诉讼过程中，法院会根据合同条款、双方交易习惯、行业惯例以及相关法律法规来作出判决。
仲裁解决：如果合同中约定了仲裁条款，供货方还可以选择通过仲裁方式来解决纠纷。仲裁结果通常具有与法院判决同等的法律效力。
四、实际操作建议
审查合同：在发生纠纷前，供货方应仔细审查货物买卖合同，确保合同条款明确、合法、有效。特别是关于货款支付、费用扣减等关键条款，要确保自己的权益得到充分保障。
保留证据：在交易过程中，供货方应妥善保留与超市的往来函件、发票、收据等证据材料。这些证据在发生纠纷时将起到至关重要的作用。
及时咨询：如果发生纠纷或遇到法律问题，供货方应及时咨询专业律师（比如我），以便得到及时、有效的法律帮助。
综上所述，超市收取的管理费等费用能否在货款中扣减，取决于合同条款的约定、费用的合理性与合法性以及法律救济途径的选择。在实际操作中，供货方应仔细审查合同、保留证据并及时咨询专业律师，以维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。