结论前置：在民间借贷中，若出借人先扣除利息和手续费，法院一般会认定该行为违反法律规定，借款本金按实际交付金额计算，已扣除的利息和手续费可能被冲抵本金或后续利息。以下从法律定性、本金认定、利息处理三个角度详细分析：

1. 法律定性：违反“利息预先扣除”禁止性规定

根据《民法典》第六百七十条（原《合同法》第二百条）及《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第二十七条，借款的利息不得预先在本金中扣除。若出借人预先扣除利息或手续费，属于变相提高借款利率，法院会直接认定该行为违法，并据此调整借款金额和利息计算方式。

2. 本金认定：按实际交付金额计算

法院在审理时，会以借款人实际收到的金额作为借款本金。例如，若双方约定借款10万元，但出借人预先扣除1万元利息和手续费，实际仅交付9万元，则法院会认定借款本金为9万元。出借人主张按10万元计算本金和利息的请求，通常不会被支持。

3. 利息处理：已扣除部分可能冲抵本金或后续利息

• 若已扣除利息未超过法定上限：法院可能将已扣除的利息冲抵后续应还利息。例如，借款人实际收到9万元，但已按10万元本金支付了3个月利息（共1.5万元），若按9万元本金计算的合法利息为1万元，则超出的0.5万元可能冲抵后续利息或本金。
  
• 若已扣除利息超过法定上限：根据《民间借贷司法解释》第二十五条，超出合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）四倍的部分，法院不予支持。此时，超出部分的利息可能直接冲抵本金。

4. 手续费是否合法？需区分性质

若“手续费”是出借人变相收取的利息（如以“服务费”“管理费”名义），则同样违反“利息预先扣除”的规定，法院会将其纳入利息范围调整。但若手续费是独立于借款的合理费用（如评估费、公证费），且借款人同意并实际发生，则可能被认定为合法支出，但需由出借人举证证明费用合理性。

总结建议：

1. 借款人若遇到先扣利息/手续费的情况，可保留转账记录、借条等证据，起诉时主张按实际金额计算本金和利息。
   
2. 出借人应避免预先扣费，否则可能面临本金减少、利息不被支持的风险。
   
3. 具体案件需结合合同条款、资金流向等证据综合判断，如有疑问可直接向我咨询细节。