在民间借贷中，扣除手续费是否合法，取决于手续费的性质、金额以及是否符合相关法律法规的规定。

1. 合法性判断：

   • 双方明确约定：手续费必须是借贷双方在借款合同中自愿、明确约定的，包括手续费的收取标准、支付方式等。如果手续费是双方事先协商好并写入借款合同的，则具有合同依据，这是合法性的基础。
   • 利率限制：根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，民间借贷的综合费用（包含利息、手续费等）不得超过合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍。超出此限制的部分可能不被法律认可。
   • 实际提供服务：出借人必须确实为借款人提供了与手续费相关的额外服务，如办理贷款手续产生的工本费、代为办理保险等合理费用。这种情况下收取手续费才具有合理性与合法性。

2. 不合法的情形：

   • 如果手续费未明确约定或约定不明确，出借人事后单方面要求支付，这是不合法的。
   • 手续费过高，导致借款人承担的综合费用超出合理范围或违反法律规定的利率限制，也是不合法的。
   • 以手续费名义掩盖高息或进行其他非法行为，同样是不合法的。

3. 法律后果：

   • 合法范围内的手续费受司法保护，借款人需按约履行支付义务。
   • 违法违规的手续费部分无效，法院不予支持，且可能面临法律追究。

4. 风险防范建议：

   • 借贷双方应签订书面合同，明确约定借款金额、期限、利率及各项费用标准。
   • 留存好转账记录、沟通凭证等关键文件，以备不时之需。
   • 发现权益受损时，及时向金融监管部门举报或通过诉讼主张权利。

综上所述，民间借贷中扣除手续费的合法性需根据具体情况综合判断。借贷双方应严格遵守相关法律法规和政策要求，确保手续的合法性和有效性，以维护双方的合法权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。