结论：公司在试用期内因您提前三天提出辞职而扣除工资的行为是不合法的。
法律背景与依据
试用期辞职的法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条，劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。这意味着，您在试用期内只需提前三天告知公司离职意向，即可合法解除劳动关系，无需承担额外的责任或费用。
工资扣除的法律限制：
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。除非存在法定情形（如代扣个税、社保等），否则用人单位无权随意扣减劳动者工资。
公司的行为性质
- 公司以“未提前30天申请”为由扣发工资的行为缺乏法律依据。试用期与正式期的辞职程序不同，正式员工需提前30日书面通知，但试用期仅需提前3日通知。
- 若劳动合同或公司制度中未明确约定试用期辞职需承担违约金或其他费用，则公司扣款行为构成违法克扣工资。
可能的法律后果
- 如果公司坚持扣除您的工资，您有权向当地劳动监察部门投诉，或通过拨打12333热线反映问题。劳动监察部门将会对公司的行为进行调查，并依法处理。
- 您还可以考虑提起劳动仲裁，主张补发被扣工资及可能的经济补偿金。根据《劳动保障监察条例》第二十六条，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的，由劳动保障行政部门责令限期支付劳动者的工资报酬，并可能加付赔偿金。
法律建议
与公司协商：
- 首先，您可以尝试与公司进行沟通，明确指出其行为的违法性，并要求全额支付工资。在协商过程中，您可以引用上述法律条款作为依据，以增强自己的说服力。
投诉举报：
- 若协商未果，您可以向当地劳动监察部门投诉公司的违法行为。在投诉时，请提供详细的证据材料，如劳动合同、工资条、辞职通知等，以便劳动监察部门进行调查处理。
申请仲裁：
- 必要时，您可以提起劳动仲裁，主张补发被扣工资及可能的经济补偿金。在申请仲裁时，请确保您已经收集了充分的证据材料，并按照仲裁程序的要求进行申请。
最后，如果您在处理此类问题时遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和帮助。