在行政处罚调查期间公司更换法定代表人，违法主体的认定通常仍为公司本身，而非更换后的法定代表人个人，但具体需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、违法主体的一般认定原则
在行政处罚中，违法主体通常是指实施了违反行政法律规范行为的组织或个人。就公司而言，其作为一个独立的法律主体，以其全部财产对外承担责任。当公司实施违法行为时，违法主体一般认定为公司本身，而非其法定代表人或员工个人（除非法定代表人或员工个人也直接参与了违法行为并构成共同违法）。
二、法定代表人更换对违法主体认定的影响
法定代表人更换不影响公司作为违法主体的认定：
- 法定代表人是代表公司行使职权的负责人，但其行为在法律上视为公司的行为。因此，即使公司在行政处罚调查期间更换了法定代表人，这并不改变公司作为违法主体的事实。
- 行政处罚是针对公司违法行为的一种制裁措施，其目的在于纠正违法行为、维护公共利益和社会秩序。更换法定代表人并不意味着公司违法行为已经得到纠正或免除责任。
特殊情况下的个人责任：
- 如果原法定代表人在离职前直接参与了公司的违法行为，并且该行为与其个人职责密切相关，那么在某些情况下，原法定代表人也可能被认定为违法主体之一，并承担相应的个人责任。但这并不改变公司作为主要违法主体的事实。
- 新任法定代表人在接任后，如果继续实施或放任公司违法行为的发生，也可能因未履行其法定职责而承担个人责任。但这同样是在公司作为违法主体基础上的个人责任追究。
三、实际操作中的注意事项
行政机关的调查与认定：
- 行政机关在调查公司违法行为时，会全面收集证据，包括公司的经营记录、相关人员的陈述、监控录像等，以确定违法事实和违法主体。
- 在更换法定代表人后，行政机关可能会要求公司提供相关证明文件，如股东会决议、新任法定代表人的身份证明等，以确认公司法律状态的变更情况。但这并不影响对公司作为违法主体的认定。
公司的配合义务：
- 公司有义务配合行政机关的调查工作，提供必要的文件和资料。如果公司拒绝配合或提供虚假信息，可能会面临更严重的法律后果。
- 新任法定代表人也有义务了解公司的历史违法情况，并采取措施纠正违法行为、防止类似情况再次发生。
四、法律后果与责任承担
公司责任：
- 如果公司被认定为违法主体，将面临行政处罚，如罚款、没收违法所得、责令停产停业等。这些处罚措施旨在惩罚公司的违法行为并促使其纠正。
个人责任：
- 如前所述，如果原法定代表人或新任法定代表人直接参与了违法行为或未履行其法定职责，也可能承担个人责任，如罚款、拘留等。但这并不改变公司作为主要违法主体和责任承担者的事实。
建议：在行政处罚调查期间，公司应积极配合行政机关的调查工作，如实提供相关文件和资料。同时，公司也应加强内部管理，确保新任法定代表人了解公司的历史违法情况并采取措施纠正违法行为。如果公司或法定代表人对行政处罚有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。