若国企在重大事项上会通过协议后违反相关规定，可能涉及多个层面的法律责任与后果，以下从不同角度进行分析：

1. 违反公司治理结构与决策程序

   • 法律后果：国企的重大事项决策通常需遵循严格的内部治理结构和决策程序，如董事会决议、股东会审议等。若违反这些程序，可能导致决策无效，甚至引发内部纠纷或法律诉讼。例如，未经董事会或股东会审议通过，擅自实施重大投资或资产处置，可能构成对公司治理结构的破坏，相关责任人可能面临内部纪律处分或法律责任。
   • 建议：国企应严格遵守公司章程和内部治理规定，确保重大事项决策程序合法合规。

2. 违反国资监管规定

   • 法律后果：国企作为国家出资企业，其重大事项决策还需接受国资监管机构的监督和管理。若违反国资监管规定，如未经批准擅自进行重大投资、并购或资产转让，可能面临国资监管机构的处罚，包括警告、罚款、责令改正等，严重时可能影响企业的经营资质或导致相关责任人被追责。
   • 建议：国企在决策重大事项前，应充分了解并遵守国资监管规定，确保决策符合监管要求。

3. 违反合同约定与诚信原则

   • 法律后果：若国企在重大事项上会通过的协议中明确约定了决策程序、实施条件等，但后续违反这些约定，可能构成违约行为，需承担违约责任，包括赔偿损失、支付违约金等。同时，违反诚信原则还可能损害企业的商业信誉和形象。
   • 建议：国企应严格履行合同约定，恪守诚信原则，确保决策和实施过程符合协议要求。

4. 可能涉及的刑事责任

   • 法律后果：在极端情况下，若国企在重大事项决策过程中存在贪污受贿、滥用职权、玩忽职守等违法行为，相关责任人可能面临刑事责任追究，包括有期徒刑、罚金等。
   • 建议：国企应加强内部监督和风险防控，确保决策过程合法合规，避免涉及刑事责任。

针对以上情况，国企应采取以下措施：

• 完善内部治理结构：建立健全董事会、股东会等决策机构，明确决策程序和权限，确保重大事项决策合法合规。
• 加强国资监管合规：深入了解并遵守国资监管规定，确保决策符合监管要求，避免违规行为。
• 恪守合同约定与诚信原则：严格履行合同约定，恪守诚信原则，维护企业商业信誉和形象。
• 强化内部监督与风险防控：建立有效的内部监督机制，加强风险防控，确保决策过程合法合规，避免涉及刑事责任。

若国企在重大事项上会通过协议后遇到相关法律问题，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律建议。