公司注销两年后，员工仍然有权起诉要求补缴社保。员工的合法权益并不会因为公司的注销而自动消失，法律提供了相应的途径来保障员工在社保方面的权益。
一、公司注销后的法定义务
公司虽然已经注销，其法人主体资格在法律上已经消灭，但这并不意味着公司之前的法定义务就可以被豁免。为员工缴纳社保费用是用人单位的法定义务，这一义务在公司注销后依然存在，并需要由相关的责任主体来承担。
二、责任承担主体
股东等清算主体：
- 如果公司在清算过程中，清算主体（如股东、发起人或出资人等）没有依法处理好社保欠费等劳动争议事项，导致员工的社保没有被补缴，那么员工有权要求这些清算主体承担责任。
- 例如，如果清算组在公司清算时没有通知社保部门核实社保欠费情况，或者没有预留相应的资金来补缴社保，员工就可以向这些清算主体追责。
承继权利义务的主体：
- 如果存在承继原公司权利义务的主体，比如公司合并或分立后形成的新公司承接了相关业务和资产，那么员工同样可以要求这些承继主体负责补缴社保。
三、处理途径与证据收集
行政投诉：
- 员工可以先向劳动监察部门或社保经办机构投诉反映情况，这些部门有权责令相关责任主体补缴社保。
法律诉讼：
- 如果通过行政途径无法有效解决问题，员工可以通过劳动仲裁或向人民法院提起诉讼的方式，要求相关责任主体承担补缴社保费用等相应责任。
- 在起诉时，员工需要准备充分的证据来证明公司未交社保的事实，以及自己与公司之间的劳动关系。关键证据包括但不限于劳动合同、工资发放记录、工作证、社保缴纳记录或未缴纳证明等。
被告确定：
- 由于公司已经注销，员工在起诉时可能需要将公司的法定代表人、股东或其他相关责任人列为被告，以确保自己的权益得到有效维护。
四、建议与总结
- 及时行动：员工在发现公司未交社保后，应尽快采取行动，通过行政投诉或法律诉讼等途径来维护自己的权益。
- 充分准备证据：在起诉前，员工应充分收集和保存相关证据，以确保自己的诉求得到支持。
- 寻求专业帮助：如果员工对法律程序不熟悉，可以寻求律师或法律援助机构的帮助，以更好地维护自己的权益。
综上所述，尽管公司已经注销两年，但员工仍然有权通过法律途径来维护自己的合法权益，包括起诉要求补缴社保。在此过程中，员工应明确责任承担主体，选择合适的处理途径，并充分收集和保存相关证据。