第三人明知股权存在瑕疵还受让的，一般不算善意取得。以下从不同角度为您详细分析：
善意取得的基本构成要件
在股权转让的语境下，善意取得通常要求受让人在受让股权时是善意的，即不知且不应知转让人无处分权，同时以合理的价格有偿转让，并且已经完成了法定的公示程序（如工商变更登记）。若第三人明知股权存在瑕疵（如股权被冻结、存在权属争议等）仍受让，显然不符合“善意”这一核心要件。
法律后果与风险
股权转让合同效力：虽然明知股权存在瑕疵而受让可能不影响股权转让合同的效力（除非合同明确约定以善意取得为生效条件），但受让人可能面临无法取得股权或股权被追回的风险。因为善意取得制度旨在保护善意第三人的利益，对于明知存在瑕疵仍受让的，法律不予保护。
法律责任：若因第三人明知股权存在瑕疵而受让，导致原股权权利人遭受损失的，第三人可能需承担相应的赔偿责任。这取决于具体案情和法律规定，如是否存在欺诈、恶意串通等情形。
实务建议
尽职调查：在受让股权前，务必进行充分的尽职调查，了解股权的权属状况、是否存在瑕疵或争议等。这有助于降低受让风险，避免陷入不必要的法律纠纷。
合同条款：在股权转让合同中，应明确约定股权的权属状况、转让条件、违约责任等条款。特别是对于可能存在的瑕疵或争议，应要求转让人作出明确承诺或提供担保。
法律咨询：在涉及股权转让等复杂法律事务时，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据具体案情和法律规定，为您提供全面的法律分析和建议，帮助您规避法律风险。
特殊情况下的考量
虽然一般情况下明知股权存在瑕疵而受让不算善意取得，但在某些特殊情况下，如转让人与受让人之间存在特殊关系（如亲属、关联企业等），或者受让人对瑕疵的存在有一定的合理预期并接受了相应的风险，此时是否构成善意取得可能需要结合具体案情和法律规定进行综合判断。不过，这种情况较为罕见，且通常需要严格的证据支持。
总结来说，第三人明知股权存在瑕疵还受让的，一般不符合善意取得的构成要件。在实务中，应谨慎对待股权转让事宜，进行充分的尽职调查并咨询专业律师的意见，以降低法律风险。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。