针对市场主体第一次违法且情节轻微不予立案处理，短期内再次违反的情况，是否还适用违法情节轻微不予立案的规定，结论是通常不再适用，但具体需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：

一、从法律法规的角度

根据市场监管总局修订后的《关于规范市场监督管理行政处罚裁量权的指导意见》，初次违法且危害后果轻微并及时改正的，可以不予行政处罚。然而，这一政策主要针对的是初次且情节轻微的违法行为。若市场主体在短期内再次违反，这通常表明其并未真正改正或重视之前的违法行为，因此不再符合“初次违法且情节轻微”的条件，市场监管部门可能会依法对其进行立案处理。

二、从实际操作的角度

1. 再次违法的性质：如果市场主体再次违反的是同一类型的违法行为，且情节与之前相似或更为严重，那么市场监管部门很可能会认为其主观恶性较大，不再给予免罚的待遇。
2. 改正情况：即使市场主体在第一次违法后进行了改正，但如果短期内再次违法，这可能表明其改正并不彻底或存在故意再犯的情况，市场监管部门也会据此进行立案处理。
3. 监管政策：市场监管部门在制定和执行免罚政策时，也会考虑监管的整体效果和社会的公平正义。如果对短期内再次违法的市场主体仍然不予立案，可能会引发其他市场主体的不满和效仿，不利于市场的健康有序发展。

三、建议与后果

1. 建议：对于市场主体而言，应当严格遵守法律法规，避免任何违法行为的发生。如果确实发生了违法行为，应当及时改正并采取措施防止再次发生。同时，市场主体也可以积极与市场监管部门沟通，了解相关政策和规定，以便更好地规范自身的经营行为。
2. 后果：如果市场主体在短期内再次违反法律法规，且情节不再轻微，那么市场监管部门可能会依法对其进行立案处理，并可能给予较重的行政处罚。这不仅会对市场主体的经营造成影响，还可能损害其声誉和信誉。

举例说明：假设某市场主体因未按规定公示年度报告而被市场监管部门发现并警告，但未予以立案。如果该市场主体在短期内再次未按规定公示年度报告，且情节与之前相似或更为严重，那么市场监管部门很可能会依法对其进行立案处理，并可能给予罚款等行政处罚。

总结来看，市场主体在第一次违法且情节轻微不予立案处理后，应当严格遵守法律法规，避免短期内再次违反。如果确实发生了再次违法的情况，那么市场监管部门很可能会依法对其进行立案处理。因此，有问题可以直接向我咨询，我会结合具体情况为你提供专业的法律建议。