法定节假日休息不会扣年假。以下从不同角度为您详细解释：
法定节假日与年假的性质
法定节假日，如元旦、春节、五一国际劳动节、国庆节等，是国家明确规定的休假日，用人单位在这些节日期间应当依法安排劳动者休假。而年假则是员工工作满一定年限后，享有的休息时间权益，它是对员工长期工作的一种补偿和休息保障。两者在性质上是完全独立的，法定节假日的休息并不影响员工年假的享有。
法律法规的规定
根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位在法定节日期间应当依法安排劳动者休假，且不得以任何理由扣除员工的年假。年假的享有是基于员工的工作年限和连续工作情况，与法定节假日的休息无关。因此，即使员工在法定节假日休息，也不会影响其年假的累计和享有。
实际操作中的注意事项
了解公司政策：虽然法律法规有明确规定，但不同公司可能会有自己的年假政策和操作流程。因此，建议您在入职时或每年年初了解公司的年假政策，确保自己的权益得到保障。
保留相关证据：如果公司试图以法定节假日休息为由扣除您的年假，您有权拒绝并保留相关证据，如考勤记录、公司通知等，以便在必要时维护自己的权益。
及时沟通协商：如果您对公司的年假政策有疑问或不满，建议及时与公司的人力资源部门或上级领导进行沟通协商，寻求合理的解决方案。
可能的法律后果
如果公司违反法律法规的规定，以法定节假日休息为由扣除员工的年假，员工有权向劳动监察部门投诉或寻求司法援助，要求公司补发年假工资或恢复年假权益。同时，公司也可能面临劳动行政部门的处罚。
总结与建议：法定节假日休息不会扣年假，这是由法律法规明确规定的。如果您在年假方面遇到任何问题或疑虑，建议及时与公司沟通协商或向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。