公司申请停工停产期间，员工的工资是否会被拉低，需视具体情况而定。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、停工停产初期的工资支付
在停工停产的首个工资支付周期内（通常为一个月），根据《工资支付暂行规定》，用人单位必须按照劳动合同中约定的薪酬标准，按时足额向员工支付工资。这一阶段，员工的工资不会因停工停产而被拉低。例如，若某企业因设备检修停工半个月，在这半个月内，职工的工资应正常发放。
二、超过首个工资支付周期的工资支付
劳动者提供正常劳动：
- 若停工停产现象持续至第二个工资支付周期后，且劳动者在此期间仍能提供符合岗位要求的正常工作，用人单位需继续按原劳动合同标准支付其薪资。
- 在此情况下，员工的工资也不会被拉低。若用人单位无法按原标准支付，至少应确保支付的劳动报酬不低于当地的最低工资标准。
劳动者未提供正常劳动：
- 若劳动者在停工停产期间未提供正常劳动，用人单位应当发放生活费，以保障劳动者的基本生活需求。
- 生活费标准通常低于正常工资水平，具体标准按照各省、自治区、直辖市规定的办法执行。例如，在某些地区，生活费可能按照不低于当地最低工资标准的70%或80%支付。
- 这种情况下，员工的实际收入可能会因停工停产而有所降低，但这是为了保障员工的基本生活需求，而非用人单位恶意拉低工资。
三、特殊情况下的工资支付与权益维护
企业恶意停工停产：
- 若企业存在恶意停工停产的行为，试图通过降低员工工资来减少经济补偿金的支付，这是违法的。
- 劳动者有权通过协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等方式来维护自身的合法权益。
- 在劳动仲裁或诉讼中，劳动者可以主张按照正常劳动工资计算经济补偿金的平均基数，劳动仲裁机构或法院会根据具体情况进行裁决。
不可抗力因素导致停工：
- 如企业遭遇洪水、地震、台风、政府管控等客观原因导致停产停工，待客观情况改善且企业能够恢复生产时，自停工之日起一个月内，即使劳动者未提供劳动，企业也需支付其工资。
- 若停工超过一个月，劳动者提供相应劳动的，用人单位可与劳动者协商新的工资标准；若用人单位未安排劳动者工作，则应按照不低于当地最低工资标准的百分比支付生活费。
四、建议与总结
- 对于员工而言：在停工停产期间，应关注用人单位的工资支付情况，确保自己的合法权益不受侵害。若发现用人单位存在恶意停工停产或降低工资的行为，应及时通过合法途径维护自己的权益。
- 对于用人单位而言：应严格遵守相关法律法规，确保在停工停产期间依法支付员工薪资或生活费。恶意停工停产或降低工资不仅可能损害员工的合法权益，还可能引发劳动争议和法律风险。
总之，公司申请停工停产期间员工的工资是否会被拉低，取决于停工停产的原因、期限以及劳动者是否提供正常劳动等多种因素。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。