个人店铺在员工请假时扣除当天工资后，再额外进行罚款，这一做法是否合法，需分情况讨论：
若店铺规章制度或劳动合同中有明确规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致的原则订立劳动合同，并明确双方的权利和义务。如果店铺的规章制度或劳动合同中明确规定了请假扣除工资及罚款的条款，且这些条款不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么店铺在员工请假时按照这些规定执行，可能是合法的。但需要注意的是，罚款的金额应当合理，不能过分高于员工因请假给店铺造成的实际损失。
若店铺规章制度或劳动合同中无明确规定，或规定违法：
- 如果店铺的规章制度或劳动合同中没有明确规定请假扣除工资及罚款的条款，或者这些规定违反了法律法规的强制性规定（如罚款金额过高，超出了合理范围），那么店铺在员工请假时额外进行罚款，就是不合法的。在这种情况下，员工有权拒绝支付额外的罚款，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
额外建议：
- 对于员工而言，在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于请假、工资扣除及罚款的规定，确保自己的权益不受侵害。
- 对于店铺而言，应制定合法、合理的规章制度，并明确告知员工。在执行规章制度时，应遵循公平、公正的原则，不得随意侵犯员工的合法权益。
可能产生的法律后果：
- 如果店铺违法扣除员工工资或进行罚款，员工可以向劳动监察部门投诉，要求店铺补发工资、退还罚款，并可能获得相应的赔偿。
- 在严重情况下，店铺还可能面临劳动行政部门的处罚，如罚款、责令改正等。
总结：个人店铺在员工请假时扣除当天工资后，再额外进行罚款，是否合法取决于店铺的规章制度或劳动合同中是否有明确规定，以及这些规定是否合法。如有任何疑问或权益受到侵害，建议直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。