关于加班费是否算作交通补助和夜餐补助，以及如何计算的问题，这主要取决于用人单位与员工之间的协商和相关规定。以下是对这一问题的详细解答：

加班费与交通补助、夜餐补助的关系

1. 加班费计算基数：

   • 加班工资的计算基数通常是劳动者所在岗位相对应的正常出勤月工资，这个基数一般不包括年终奖、上下班交通补贴、工作餐补贴、住房补贴、中夜班津贴、夏季高温津贴以及加班工资等特殊情况下支付的工资。

2. 交通补助与加班费：

   • 交通补助通常不被视为加班费的一部分，除非用人单位与员工在劳动合同或相关协议中明确约定将交通补助纳入加班费计算基数。
   • 在没有明确约定的情况下，交通补助一般作为单独的福利或补贴发放，不与加班费直接相关。

3. 夜餐补助与加班费：

   • 夜餐补助同样通常不被视为加班费的一部分。它可能是用人单位为夜间工作的员工提供的一种额外福利。
   • 如果用人单位希望将夜餐补助纳入加班费计算，也需要在劳动合同或相关协议中明确约定。

加班费的计算方法

1. 基本计算原则：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十三条，用人单位在劳动者完成劳动定额或规定的工作任务后，根据实际需要安排劳动者在法定标准工作时间以外工作的，应按以下标准支付工资：
     • 延长工作时间的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付工资。
     • 休息日工作又不能安排补休的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的200%支付工资。
     • 法定休假节日工作的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付工资。

2. 特殊情况：

   • 实行计件工资的劳动者，在完成计件定额任务后由用人单位安排延长工作时间的，应根据上述原则分别按照不低于其本人法定工作时间计件单价的150%、200%、300%支付工资。
   • 经劳动行政部门批准实行综合计算工时工作制的，其综合计算工作时间超过法定标准工作时间的部分，应视为延长工作时间，并按规定支付工资。

争议解决

• 如果用人单位和员工对于交通补助、夜餐补助是否应纳入加班费计算基数存在争议，可以通过劳动仲裁委员会来解决问题。
• 在争议解决过程中，应依据劳动合同、集体合同（工资专项集体合同）以及相关法律法规进行裁决。

建议

• 为了避免争议，建议用人单位在与员工签订劳动合同时，明确约定加班费的计算基数以及是否包括交通补助、夜餐补助等福利。
• 员工在签订劳动合同时，也应仔细阅读合同条款，确保自己的权益得到保障。

综上所述，加班费通常不包括交通补助和夜餐补助，除非双方有明确约定。加班费的计算应依据相关法律法规和劳动合同进行。如有争议，可通过劳动仲裁委员会解决。