针对单位员工恶意将申报的项目从系统删除的情况，可以从以下几个角度追究其责任：

1. 内部纪律处分：

   • 依据：员工的行为违反了公司的规章制度或员工手册中的相关规定，特别是关于数据保护、系统使用或职业道德的条款。
   • 处理方式：公司可以依据内部规定，对该员工进行警告、罚款、降职、解雇等纪律处分。这需要公司有明确的规章制度，并且该规章制度已经过合法程序制定并告知员工。

2. 民事赔偿：

   • 依据：如果员工的行为给公司造成了经济损失，如项目申报失败导致的直接或间接损失，公司可以依据《民法典》中关于侵权责任的规定，要求员工承担民事赔偿责任。
   • 处理方式：公司需要收集证据证明损失的具体数额以及该损失与员工行为之间的因果关系，然后可以通过协商、调解或诉讼等方式要求员工赔偿。

3. 刑事责任：

   • 依据：如果员工的行为涉嫌犯罪，如故意破坏计算机信息系统、侵犯商业秘密等，公司可以向公安机关报案，要求追究员工的刑事责任。
   • 处理方式：公安机关会进行调查，如果证据充分，会依法对员工进行刑事立案、侦查、起诉和审判。如果员工被定罪，可能会面临有期徒刑、罚金等刑事处罚。

4. 劳动争议处理：

   • 依据：如果员工的行为引发了劳动争议，如公司因此解雇员工而员工认为解雇不合法，双方可以通过劳动争议调解、仲裁或诉讼等方式解决。
   • 处理方式：在处理劳动争议时，需要依据《劳动法》、《劳动合同法》等相关法律法规，以及双方签订的劳动合同和公司的规章制度。劳动争议处理机构会根据事实和法律，作出公正的裁决。

在处理此类事件时，公司需要注意以下几点：

• 收集证据：公司需要收集足够的证据来证明员工的行为以及该行为给公司造成的损失。证据可以包括系统日志、监控录像、证人证言、经济损失评估报告等。
• 依法处理：公司在处理员工时，需要遵循法律法规和公司的规章制度，确保处理方式的合法性和合理性。
• 保护隐私：在处理过程中，公司需要保护员工的隐私权，避免泄露员工的个人信息或不当使用员工的个人信息。

如果公司不确定如何处理此类事件，或者需要法律帮助来追究员工的责任，可以随时向我咨询。我会根据具体情况，提供专业的法律意见和帮助。