公司重要资料被员工恶意删除，这一行为通常是违法的，可能涉及多个法律层面的问题。以下从不同角度进行分析：
从劳动合同和公司规章制度的角度：
- 员工与公司之间签订了劳动合同，合同中通常会明确员工的工作职责和义务，包括保护公司财产和资料的安全。如果员工恶意删除公司重要资料，这明显违反了劳动合同中的相关条款，公司有权依据合同规定对员工进行处罚，甚至解除劳动合同。
- 同时，公司内部通常会有规章制度，明确员工应遵守的行为规范。恶意删除公司资料很可能违反了这些规章制度，公司可以依据规章制度对员工进行相应的纪律处分。
从民事侵权的角度：
- 员工恶意删除公司重要资料，导致公司遭受经济损失的，公司有权要求员工承担民事赔偿责任。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。在这种情况下，员工的行为明显存在过错，且导致了公司的经济损失，因此应承担相应的赔偿责任。
从刑事责任的角度：
- 如果员工恶意删除的公司资料具有重大价值，或者删除行为导致了公司严重的经济损失，甚至影响了公司的正常运营，那么这一行为可能构成犯罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，故意毁坏公私财物，数额较大或者有其他严重情节的，处三年以下有期徒刑、拘役或者罚金；数额巨大或者有其他特别严重情节的，处三年以上七年以下有期徒刑。在这种情况下，员工可能面临刑事责任的追究。
法律建议：
- 对于公司而言，一旦发现员工恶意删除重要资料，应立即采取措施固定证据，如恢复被删除的资料、记录删除行为的时间、地点和方式等。同时，公司应依据劳动合同和规章制度对员工进行相应的处理，并考虑是否要求员工承担民事赔偿责任。
- 如果删除行为造成了严重的后果，公司还应及时向公安机关报案，以便追究员工的刑事责任。
可能面临的法律后果：
- 员工可能面临公司的纪律处分，如警告、罚款、解除劳动合同等。
- 员工可能需要承担民事赔偿责任，赔偿公司因资料删除而遭受的经济损失。
- 如果删除行为构成犯罪，员工还可能面临刑事责任的追究，包括有期徒刑、拘役或罚金等。
综上所述，公司重要资料被员工恶意删除是违法的，公司应依据相关法律法规和内部规章制度对员工进行处理，并考虑是否追究其民事或刑事责任。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。