结论前置：

1. 国庆节法定节假日期间，用人单位不应扣除劳动者工资，且需按正常出勤支付工资。
2. 调休的休息日期间，若劳动者未工作，用人单位无需额外支付工资；但若安排加班且不能安排补休，则需支付加班费。

详细分析：

一、国庆节法定节假日工资支付

• 法律规定：根据《中华人民共和国劳动法》第五十一条，劳动者在法定休假日期间，用人单位应当依法支付工资。国庆节的10月1日、2日、3日为法定节假日，即便劳动者未实际提供劳动，用人单位也应按照劳动合同约定的正常出勤工资标准支付工资。

• 计算方式：月工资除以月计薪天数（通常为21.75天）得出日工资标准，再乘以法定节假日天数（3天）。例如，某员工月工资6000元，日工资约为275.86元（6000÷21.75），则国庆节法定节假日3天的工资为827.58元（275.86×3）。

二、调休的休息日工资支付

• 法律规定：国庆节除法定3天节假日外，通常会通过调休连放更长时间。调休期间，若劳动者未上班且用人单位未安排补休，则不需支付额外的工资；但若用人单位在调休期间安排劳动者加班且未安排补休，根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，应支付不低于工资的百分之二百的加班工资。

• 计算方式：同样以月工资6000元为例，日工资标准约为275.86元。若在调休期间某一天加班且未安排补休，则该天的加班工资为551.72元（275.86×200%）。

三、加班工资基数与特殊约定

• 加班工资基数：计算加班工资的基数不得低于劳动者所在岗位应得的工资报酬。如果劳动者的基本工资低于当地最低工资标准，则以当地新的最低工资标准作为基数进行计算。

• 特殊约定：若用人单位与劳动者在劳动合同或集体合同中有关于工资支付的特殊约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，双方可按照约定执行。但此类特殊约定必须明确、具体，并经过双方协商一致。

四、劳动者权益保护

• 非法扣工资的处理：如用人单位在国庆节放假期间非法扣除员工工资，即违反了《劳动法》的相关规定。员工有权与用人单位沟通协商，要求补发工资。

• 维权途径：若协商无果，员工可向当地劳动保障部门投诉举报，或通过法律途径（如劳动仲裁、诉讼等）来维护自己的合法权益。

总结与建议：

国庆节放假期间，劳动者的工资权益应得到充分保障。在法定节假日期间，用人单位应依法支付劳动者工资；在调休的休息日期间，若劳动者未工作且用人单位未安排补休，则不需支付额外的工资，但若安排加班且不能安排补休，则需支付加班费。如有特殊约定，需确保合法、明确且经双方协商一致。

建议：劳动者在遇到工资被非法扣除或加班费未支付的情况时，应积极与用人单位沟通协商，若协商无果，可及时向当地劳动保障部门投诉举报或通过法律途径维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。