结论前置：在农村本村土地流转时，双方仅签订协议而未经过村里办理手续，现政府征用补偿，补偿款的归属及分配可能因具体情况而有所不同，但一般而言，若流转协议合法有效且已实际履行，流转方可能享有相应的补偿权益。以下从不同角度进行详细分析：

1. 流转协议的效力：

   • 根据《中华人民共和国农村土地承包法》及相关规定，土地承包经营权流转应当遵循平等协商、依法、自愿、有偿的原则，且流转双方应当签订书面流转合同。虽然未经过村里办理手续可能不影响流转合同的效力（除非村里办理手续是当地规定的必要程序），但缺乏村里备案或认可可能给后续权益确认带来一定困难。
   • 若流转协议内容合法、双方意思表示真实，且已实际履行（如流转方已实际使用土地并支付流转费用），则该协议通常具有法律效力。

2. 政府征用补偿的归属：

   • 政府征用土地时，补偿款通常包括土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费等。其中，土地补偿费一般归土地所有权人（即村集体）所有，但具体分配方式可能由村集体根据民主议定程序决定。
   • 对于流转方而言，若其已通过合法流转获得土地承包经营权，且流转协议中明确约定了征用补偿的分配方式，则流转方有权按照协议约定获得相应补偿。若协议未明确约定，则可能需要根据实际情况（如流转期限、流转费用支付情况等）与原承包方协商分配。

3. 未办理村里手续的影响：

   • 未经过村里办理手续可能导致村集体对流转情况不了解，进而在征用补偿时可能忽略流转方的权益。因此，流转方应及时向村集体报备流转情况，并保留好转流协议及相关支付凭证等证据。
   • 若因未办理手续导致补偿款分配纠纷，流转方可通过法律途径维护自身权益，如向法院提起诉讼要求确认流转协议效力并主张补偿款。

4. 建议与措施：

   • 流转方应尽快与村集体沟通，说明流转情况并补办相关手续（如可能）。
   • 保留好转流协议、支付凭证等证据材料，以备不时之需。
   • 在征用补偿过程中，积极与村集体、原承包方协商分配方案，必要时可寻求法律援助或提起诉讼。