核心结论：在土地流转合同未到期时遭遇上级政府征收，合同双方可通过主张征收补偿、合同解除补偿等方式维护自身权益，具体处理方式需结合合同条款、征收程序合法性及双方身份（转出方/受入方）综合判断。以下分情况展开说明：

一、征收补偿的分配规则：合同双方均有权主张，但需区分补偿项目

根据《土地管理法》第四十八条，征收土地的补偿费用包括土地补偿费、安置补助费、地上附着物及青苗补偿费、社会保障费用四部分。补偿分配需结合流转合同双方身份及补偿项目性质确定：

1. 土地补偿费与安置补助费：原则上归土地承包经营权人（即转出方）所有，但若流转合同明确约定“征收时土地补偿费归受入方”，且该约定不违反法律强制性规定（如未损害集体经济组织成员权益），则可按约定分配。
   法律依据：《民法典》第三百三十八条“承包地被征收的，土地承包经营权人有权依照本法第二百四十三条的规定获得相应补偿”；《农村土地承包法》第三十九条“土地经营权流转的，土地经营权流转收益归承包方所有，任何组织和个人不得擅自截留、扣缴”。

2. 地上附着物及青苗补偿费：归实际投入人（即受入方）所有。例如，受入方在流转土地上修建的温室大棚、种植的农作物等，补偿应直接支付给受入方。
   法律依据：《土地管理法实施条例》第三十二条“地上附着物和青苗等的补偿费用，归其所有权人所有”。

3. 社会保障费用：专用于被征地农民的社会保障，与流转合同双方无关，由征收方直接支付给符合条件的被征地农民。

二、合同解除的补偿问题：需结合合同条款与征收程序合法性判断

1. 若征收程序合法（如已依法发布征收公告、组织听证、签订补偿协议等）：

   • 合同因“政府征收”这一不可抗力或情势变更事由解除，双方均不承担违约责任，但受入方有权要求转出方返还剩余期限的流转费（若已预付）。
     
   • 若合同明确约定“征收时转出方需补偿受入方投入损失”（如改良土地费用、预期收益等），则转出方需按约定履行；若无约定，受入方可通过协商或诉讼主张实际损失（需举证证明投入成本及预期收益）。

2. 若征收程序违法（如未依法公告、未足额补偿等）：

   • 转出方作为土地承包经营权人，可针对征收行为提起行政复议或行政诉讼，要求撤销征收决定或补足补偿。
     
   • 受入方作为实际使用人，若因征收导致直接损失（如地上附着物被强制拆除），可单独以征收方为被告提起行政赔偿诉讼，或依据与转出方的合同约定主张违约责任（若转出方未履行协助义务导致损失扩大）。

三、实务建议：分步骤维护权益

1. 核查征收合法性：要求征收方出示征收批准文件、补偿安置方案、社会稳定风险评估报告等材料，确认征收是否符合“公共利益需要”及“程序正当”原则。
   
2. 固定证据：对地上附着物、青苗、改良土地等投入进行拍照、录像，保留合同、付款凭证、建设审批文件等证据，以证明补偿主张的合理性。
   
3. 协商与诉讼并行：优先与征收方、转出方协商补偿分配方案；若协商不成，可同时提起行政诉讼（针对征收行为）与民事诉讼（针对合同纠纷），但需注意诉讼时效（行政诉讼6个月，民事诉讼3年）。

提示：土地征收涉及行政法律关系与民事法律关系的交叉，建议根据具体案情委托律师制定诉讼策略，避免因程序瑕疵导致权益受损。如有进一步问题，可直接向我咨询。