工伤职工在医师开具三个月休息期但实际休了80天的情况下，停工留薪期工资的计算应依据实际休息天数与医嘱休息天数的关系，结合相关法律法规进行。具体分析如下：
一、停工留薪期工资计算的基本原则
根据《工伤保险条例》第三十三条的规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月，具体期限根据医疗机构出具的证明确定。
二、实际休息天数与医嘱休息天数的关系
医嘱休息天数作为基准：
- 医师开具的三个月休息期（即90天）是确定停工留薪期的重要依据。
- 如果实际休息天数未超过医嘱休息天数，停工留薪期工资应按照实际休息天数计算。
实际休息天数超过医嘱休息天数：
- 在本案例中，工伤职工实际休息了80天，未超过医嘱的90天休息期。但即便假设实际休息天数超过了医嘱休息天数（如本例假设的情境或类似其他情况），超出部分的处理需依据具体情况。
- 通常情况下，超出医嘱休息天数的部分，若未经劳动能力鉴定委员会确认延长停工留薪期，则可能不被认定为停工留薪期，因此该部分天数可能不享受原工资福利待遇。但具体处理还需根据地方性法规或单位内部规定来确定。
三、停工留薪期工资的具体计算
未超过医嘱休息天数的情况：
- 停工留薪期工资 = 原工资 × 实际休息天数 / 月计薪天数（通常为21.75天，根据《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》）
- 在本案例中，由于实际休息了80天，未超过医嘱的90天，因此停工留薪期工资应按照80天计算。
- 计算公式：停工留薪期工资 = 原工资 × (80 / 21.75)（若按月计算，则直接按原工资发放80天对应的月份工资，具体需看工资发放周期）
假设超过医嘱休息天数的情况（虽本例未发生，但为全面分析）：
- 若实际休息天数超过了医嘱休息天数，且未经确认延长，则超出部分可能不享受停工留薪期待遇。
- 此时，停工留薪期工资仍按医嘱休息天数计算，超出部分可能按病假工资或其他规定处理。
四、特殊情况与建议
- 地方性法规差异：不同地区可能对停工留薪期的具体规定有所差异，建议查阅当地的相关法规或政策。
- 单位内部规定：部分单位可能对停工留薪期的工资计算有内部规定，需结合单位规定进行。
- 及时沟通与确认：若对停工留薪期工资计算有疑问，建议及时与单位人力资源部门或工会沟通，并确认相关计算方式和依据。
结论：在本案例中，由于工伤职工实际休息了80天，未超过医师开具的三个月（90天）休息期，因此停工留薪期工资应按照实际休息天数80天进行计算。具体计算公式为：停工留薪期工资 = 原工资 × (80 / 实际月计薪天数，若按月发放则直接按对应月份工资计算)。如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。