针对您提出的“公司员工入职体检不合格医院是否给盖章”的问题，这主要取决于体检的性质、目的以及医院的具体管理规定。不过，我可以从一般情况和相关政策的角度，为您提供一个较为全面的解答。

首先，我们需要明确的是，医院在出具体检报告或相关证明时，会遵循严格的医疗文书管理制度。根据国家卫生健康委办公厅发布的《关于进一步加强医学证明文件类医疗文书管理工作的通知》，医疗机构应当规范医师开具医疗文书的行为，确保医疗文书内容的具体、真实、合理、清楚、规范，并有相应的诊断治疗依据。这意味着，医院在出具任何医疗文书，包括体检报告时，都会确保其内容的准确性和真实性。

对于入职体检不合格的情况，医院通常不会直接“盖章”确认不合格，而是会出具一份详细的体检报告，其中会明确列出各项体检指标的结果，以及是否存在异常或不合格的情况。这份报告本身就是医院对员工体检结果的正式记录，无需额外“盖章”来确认不合格。

此外，如果体检是针对特定行业或岗位（如食品从业人员）的入职要求，那么还需要参考相关行业的健康检查管理办法。例如，根据《广东省市场监督管理局关于广东省食品从业人员健康检查的管理办法》，从事接触直接入口食品工作的从业人员需要每年进行健康检查，并取得相应的《健康证明》后方可上岗工作。如果体检不合格，员工将无法获得《健康证明》，从而无法从事相关工作。但同样，医院不会因此“盖章”确认不合格，而是会通过体检报告来反映体检结果。

综上所述，医院在员工入职体检不合格的情况下，不会直接“盖章”确认不合格，而是会出具详细的体检报告来记录体检结果。这份报告本身就是医院对员工体检情况的正式说明，无需额外盖章。同时，员工应根据体检报告的结果和用人单位的要求，决定是否需要进一步检查或治疗，以及是否适合从事相关工作。