员工离职时，公司不可以扣全年税，这种做法是不合法的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、税收的法定性与扣税的合法性
税收的法定性：
- 根据我国税收法律法规，税收的征收必须依据法律的规定进行，任何单位或个人不得擅自改变税收的征收范围、税率或征收方式。
- 员工工资薪金所得的个人所得税，是由员工个人承担，并由公司在发放工资时代扣代缴的。这一过程必须严格遵循税收法律法规的规定。
扣税的合法性：
- 公司作为扣缴义务人，其职责是按照税法规定代扣代缴员工的个人所得税，而无权擅自增加或减少扣税金额，更无权因员工离职而扣全年税。
- 如果公司擅自扣全年税，将违反税收法律法规，可能面临税务机关的处罚，包括但不限于罚款、滞纳金等。
二、员工离职时的税务处理
正常离职的税务处理：
- 员工正常离职时，公司应按照其实际工作期间的工资薪金所得，计算并代扣代缴个人所得税。
- 离职时的工资结算，应扣除员工个人应承担的社会保险费、住房公积金等法定扣除项目，以及个人所得税，但不应扣除与离职无关的费用或税款。
非法扣税的法律后果：
- 如果公司擅自扣全年税，员工有权向税务机关举报，税务机关将依法进行调查处理。
- 同时，员工还可以通过劳动争议仲裁或诉讼等途径，维护自己的合法权益，要求公司返还非法扣缴的税款，并可能获得相应的赔偿。
三、建议与措施
保留证据：
- 员工在离职前，应确保自己的工资单、税务缴纳记录等证据得到妥善保存，以便在需要时能够证明公司的非法扣税行为。
及时主张权益：
- 如果发现公司擅自扣全年税，员工应及时与公司沟通协商，要求公司返还非法扣缴的税款。
- 如果公司拒绝返还，员工可以向税务机关举报，或向劳动争议仲裁机构申请仲裁，甚至向人民法院提起诉讼。
了解法律规定：
- 员工在离职前，应了解相关税收法律法规和劳动法律法规的规定，以便在需要时能够准确主张自己的权益。
总结来说，员工离职时，公司不可以扣全年税，这种做法是不合法的。如果公司擅自扣税，员工有权向税务机关举报，并通过劳动争议仲裁或诉讼等途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。