协议劳动关系下，公司破产时员工有权获得补偿，且该补偿行为合法。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、法律背景与依据
根据《中华人民共和国企业破产法》及相关劳动法律法规，当企业进入破产程序时，员工的合法权益应得到保障。这包括但不限于工资、经济补偿金等。对于协议劳动关系下的员工，即那些通过签订协议（如劳务协议、非全日制劳动合同等）而非标准劳动合同建立劳动关系的员工，其权益同样受到法律保护。
二、补偿的合法性与具体情形
经济补偿金的支付：
- 在标准劳动关系下，根据《劳动合同法》的规定，员工因企业破产而解除劳动合同时，企业应支付经济补偿金。对于协议劳动关系下的员工，虽然其劳动关系形式可能有所不同，但只要该协议实质上构成了劳动关系（即存在从属性、经济依赖性等劳动关系特征），且员工因企业破产而遭受了损失，那么员工同样有权要求经济补偿。
- 经济补偿金的具体数额通常根据员工的工作年限、工资水平等因素确定。在破产程序中，这部分费用会作为破产债权进行申报和处理。
工资的支付：
- 无论劳动关系形式如何，企业都应支付员工应得的工资。在企业破产时，工资债权通常享有优先受偿的地位，以确保员工的基本生活需求得到满足。
其他福利待遇：
- 除了工资和经济补偿金外，员工还可能享有其他福利待遇，如社会保险、住房公积金等。这些福利待遇的支付同样受到法律保护，并在破产程序中进行相应处理。
三、实际操作与注意事项
证据收集与保留：
- 员工应保留与劳动关系相关的所有证据，如协议文本、工资单、工作记录等。这些证据在破产程序中对于证明员工的劳动关系和债权数额至关重要。
及时申报债权：
- 在企业破产程序中，员工应及时向破产管理人申报债权。逾期未申报的，可能视为放弃债权，导致无法获得补偿。
参与破产程序：
- 员工有权参与破产程序，了解破产进展和债权处理情况。这有助于员工维护自己的合法权益，确保补偿的公平性和合理性。
四、特殊情况与风险提示
- 协议性质认定：如果协议被认定为非劳动关系（如承揽合同、服务合同等），则员工可能无法享受劳动关系下的补偿待遇。因此，在签订协议时，员工应仔细审查协议内容，确保其符合劳动关系的特征。
- 破产财产不足：如果企业破产财产不足以清偿所有债务，员工的补偿可能无法得到全额支付。在这种情况下，员工可能需要按照法定顺序参与破产财产的分配。
建议：如果您或您身边的人遇到类似情况，建议及时咨询专业律师（即向我咨询），以便更好地了解自己的权益和可行的维权途径。