违规取得的佣金或违纪款一般不可以直接扣除，但需根据具体情况和法律规定处理。以下是具体分析：

1. 从劳动法律关系角度
   若员工通过违规手段（如虚假交易、利益输送等）取得佣金或违纪款，用人单位无权单方面扣除该款项，但可依据《劳动合同法》第三十九条，以“严重违反规章制度”为由解除劳动合同，并要求员工返还违规所得。

   • 操作要点：用人单位需证明员工行为违反规章制度（如制度中明确禁止此类行为），且制度已通过民主程序制定并公示。
     
   • 风险提示：若用人单位直接扣除款项而未解除合同，可能被认定为“未及时足额支付劳动报酬”，员工可主张被迫解除劳动合同并要求经济补偿。

2. 从民事法律关系角度
   若违规行为涉及民事欺诈或不当得利（如虚构业务骗取佣金），用人单位或相关方可要求返还该款项，并可通过民事诉讼主张权利。

   • 法律依据：《民法典》第一百二十二条（不当得利返还）、第一百四十八条（欺诈行为可撤销）。
     
   • 证据要求：需证明款项性质为违规所得（如交易记录、证人证言等）。

3. 从刑事法律关系角度
   若违规行为涉嫌犯罪（如职务侵占、非国家工作人员受贿罪），司法机关可依法追缴违法所得，此时款项将被强制没收，而非由用人单位或个人直接扣除。

   • 流程：需经公安机关立案侦查、检察院起诉、法院判决后执行。

建议行动步骤：

1. 固定证据：保存交易记录、沟通记录、规章制度等材料；
   
2. 内部处理：依据规章制度进行纪律处分（如警告、解除合同）；
   
3. 法律追偿：通过民事诉讼或报案主张返还；
   
4. 避免自行扣款：防止引发劳动争议。
   

如有进一步细节（如款项性质、规章制度内容等），可向我补充说明，我将为您定制更精准的方案。